产品推荐:气相|液相|光谱|质谱|电化学|元素分析|水分测定仪|样品前处理|试验机|培养箱


化工仪器网>技术中心>操作使用>正文

欢迎联系我

有什么可以帮您? 在线咨询

【干货】如何寻找基因信息?用 Pubmed 来寻找基因信息

来源:深圳市安培生物科技有限公司   2021年08月21日 18:23  

说起 Pubmed 我们大家都不陌生,当然,找文献可都靠它呢。不过,这个美国国立医学图书馆的搜索引擎可不止能干这个。它只是NCBI Entrez整个数据库查询系统中的一个。PubMed 界面提供与综合分子生物学数据库的链接,其他的内容还包括:DNA 与蛋白质序列,基因图数据,3D 蛋白构象,人类孟德尔遗传在线等。这次我们要讲的就是怎么用里面的 NCBI 来查找所需要的基因信息。

如何寻找基因信息 

首先,打开 NCBI 网页ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/,选择[gene],输入您要的基因名称(可简写),如 CCR9,搜索。


【干货】如何寻找基因信息?用 Pubmed 来寻找基因信息


然后,选择种属,如 homosapiens,点击进入所需基因,下拉网页,在"NCBI Reference sequence  (Refseq)"下方


【干货】如何寻找基因信息?用 Pubmed 来寻找基因信息


NG_029472.1就是该基因的 genomic DNA 序列号,NM_001256369.1 就是异构体B的 mRNA 序列号,而 NP_001243298.1 就是NM_001256369.1相应的氨基酸序列号。同理, NM_031200.2 → NP_112477.1 分别是异构体A的mRNA和氨基酸序列号。Genomic context 中 Location= 3p21.3 是指此基因位于 3 号染色体短臂(p)2 带 1 区 3 亚区。

【干货】如何寻找基因信息?用 Pubmed 来寻找基因信息

点击进入相应页面就会出现详细的外显子、编码序列等信息。


想要知道详细信息的话,可以点击 GenBank


【干货】如何寻找基因信息?用 Pubmed 来寻找基因信息

【干货】如何寻找基因信息?用 Pubmed 来寻找基因信息

如果你只想获得序列(例如去设计 PCR 引物的时候),那就可以选择 FASTA,这样就得到了 FASTA 格式的序列文件,没有其他数字和格式的干扰。


如何选择目前*的 mRNA 序号 

在这推荐一个网站:harrier.nagahama-i-bio.ac.jp/mutation/


【干货】如何寻找基因信息?用 Pubmed 来寻找基因信息

输入您查找的基因,如 CCR9,"Go"提交,便会出现 CCR9 的相应界面,点进去就能显示公 认的序列号和 DNA 序列。 



这样参照的序列号对了,设计引物、基因突变的命名及表述才是对的,发文章时才不会错。 (基因突变命名也是一个系统,可以到 NCBI 上下载相关文献)。另外,这一网站 DNA 序列 中也提供了目前文献报道的已知的突变位点和 SNP 位点。非常好用。


免责声明

  • 凡本网注明“来源:化工仪器网”的所有作品,均为浙江兴旺宝明通网络有限公司-化工仪器网合法拥有版权或有权使用的作品,未经本网授权不得转载、摘编或利用其它方式使用上述作品。已经本网授权使用作品的,应在授权范围内使用,并注明“来源:化工仪器网”。违反上述声明者,本网将追究其相关法律责任。
  • 本网转载并注明自其他来源(非化工仪器网)的作品,目的在于传递更多信息,并不代表本网赞同其观点和对其真实性负责,不承担此类作品侵权行为的直接责任及连带责任。其他媒体、网站或个人从本网转载时,必须保留本网注明的作品第一来源,并自负版权等法律责任。
  • 如涉及作品内容、版权等问题,请在作品发表之日起一周内与本网联系,否则视为放弃相关权利。
企业未开通此功能
详询客服 : 0571-87858618