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基质辅助激光电离质谱仪工作流程是先借助亲水作用色谱—捕集离子淌度—串联质谱工作平台确定脂质种类。不同头基的脂质可通过色谱在第一维度得到分离。利用TIMS可将共洗脱的脂质在第二维中得到进一步分离。随后，将确定的脂质碰撞截面值用作组织特异性数据库，并根据其准确的质合比和CCS改进质谱成像中对脂质种类的识别。
基质辅助激光电离质谱仪的工作流程概述：
从MALDI质谱组织成像理和技术流程可以看到，MALDI质谱成像具有下特点：
1）无需事先知道所研究疾病或药物相关生物分子的信息，且不局限于特异的一种或者几种分子，它可在组织切片中找到多种子，并提供这些分子在组织中空间分布的精确信息；
2）可对被检测到的分子含量进行简单的定量，为寻找、阐明和鉴定重要分子标记物等提供了更快速的分析结果以及可视化结果；
3）通过组织样品以扫描的模式捕获谱图并形成图像，获得的图像不需要对组织中的生物分子进行体外标记或染色，操作方便、简单；
4）可直接以组织切片或细胞进行分析，具有较高的兼容性。
基质辅助激光电离质谱仪的主要应用：
1.具有MALDI组织质谱成像功能，适用于组织切片原位分析，可调成像采集速度：≥50像素点/秒，具有超高的成像质量，可进行完整的组织学分析；
2.适用于高通量的蛋白质组学研究，包括蛋白质测定，多肽序列分析，蛋白质翻译后修饰鉴定，蛋白质相互作用和自上而下蛋白质序列分析等研究；
3.适用于蛋白表征，二硫键和三硫键检测，糖基化分析；
4.适用于各种同位素标记的生物标识物定量分析；
5.适用于合成化/聚合物的各方位表征。
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