细菌发光急性毒性评价与遗传毒性评价结合可较全面反应水质的情况。应用细菌发光试验及Ａｍｅｓ试验对比研究了武汉市易家墩、黄孝河污灌区工业废水的急性毒性及致突变性，同时应用色质谱（ＧＣ／ＭＳ）分离鉴定技术测定了工业废水中有机污染物的化学组成。结果表明，罗家渠废水的急性毒性、致突变活性在所研究废水中最为严重：废水中急性毒性物质主要包括苯酚、苯甲酸苯甲酯等。致突变致癌物包括联苯、萘等１２３１。

另外利用发光细菌的暗变种，也可直接检测化学品的基因毒性，此技术称为“Ｍｕｔａｔｏｒ'’。Ｋｗａｎ等人将Ｍｕｔａｔｏｒ结合到一组生态毒性筛选试验中，在加拿大的Ｙａｍｅｓｋａ河流盆地监测河水和沉积物的基因毒性，Ｈｏｋｅ等人在美国大湖地区运用了Ｍｉｃｒｏｔｏｘ对沉积物和间隙水中的基因毒性进行检测，我国学者顾宗濂等人也从明亮发光杆菌Ｔ３小种分离到了自发的暗变种Ｔ９１７１菌株，并以此检测了化学品致突变效应。张秀君等用其检测十种化合物，其中六种化合物呈致突变阳性，二种化合物呈可疑阳性，二种化合物呈阴性反映，该方法比传统的Ａｌｎｅｓ试验检测化合物的灵敏度高１２４１。赵华清等人用发光细菌法检测苯酚、溴化乙锭、甲基磺酸乙酯的基因毒性显示为阳性、环磷酰胺、缩水甘油、硫酸二乙酯、硫酸锌、重铬酸钾为可疑阳性。对多种环境样品检测结果显示检出２个环境样品，７个可疑样品，激活系统Ｓ９能极大地提高试验的灵敏度１２５１。实验显示发光细菌法的灵敏度与Ａｍｅｓ试验相似。

发光细菌法对某些具有基因毒性的化合物的检测不敏感，这主要与它的作用机理有关，发光细菌法是利用发光细菌暗变种在基因毒物的诱导下回复突变，恢复正常发光，移码剂主要使发光细菌暗变种的发光系统阻遏物结合操纵子位置的能力发生改变。ＤＮＡ插入剂以共价键与发光细菌的ＤＮＡ结合，产生移码突变，ＤＮＡ损伤剂启动“ＳＯＳ功能”，使发光系统阻遏物失物。因而，该方法一般仅对ＤＮＡ损伤剂、ＤＮＡ插入剂、ＤＮＡ合成抑制剂及引起碱基替代、移码的直接诱变剂敏感，对基因毒物的筛选具有特异性。