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原子荧光分光光度计是利用原子荧光谱线的波长和强度进行物质的定性与定量分析。原子荧光是原子蒸气吸收特征波长的辐射之后，原子激发到高能级，激发态原子接着以辐射方式去活化，由高能级跃迁到较低能级的过程中所发射的光。而原子吸收分光光度法是基于基态原子对共振光的吸收。原子荧光与原子吸收的区别有：
（1）光路不同：原子吸收光源、原子化器和检测器在一条光路上；原子荧光为垂直光路。
（2）原理不同：原子吸收利用原子的特征吸收光谱；原子荧光则利用原子的激发-跃迁光谱（荧光）。原子荧光的特长是测量As，Se，Hg等一些过度元素和特殊的金属元素。原子荧光和原子吸收在实验室里没有ICPMS的情况下作为互补，可以测量大部分金属元素和过度元素。具体谁更有优越性，检测限更低要根据具体的元素来定。
（3）灵敏度不同：对于原子吸收，增加光源强度同时会增加背景吸收，而原子荧光信号强度与激发光源强度成正比，故灵敏度可以大大提高。
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