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光合仪：气体交换原理，利用红外气体分析器（InfraRed Gas Analyzer IRGA）测量流经叶片前后CO2和H2O的浓度变化，分析叶片与环境发生的气体交换，用固定了多少CO2来表征光合作用的能力。常用的参数是净光合速率，蒸腾速率，气孔导度，胞间二氧化碳浓度等。气体交换是非常经典的光合作用测量方法，光合仪是常被用来测量气体交换的仪器。
荧光仪：叶绿素荧光原理，通过检测光合作用光能利用过程中叶绿素荧光的产量(F)，来分析光合作用光能吸收，转化和分配。用叶绿素荧光参数来表征不同途径能量分配的多少。常用的参数有光系统的大光能转换效率(Fv/Fm), 实际光能转换效率(Yield), 光化学淬灭(qP), 非光化学淬灭(NPQ), 电子传递速率（ETR）等。叶绿素荧光法具有无损，原位测量等优势，可以作为光合作用的有效探针，叶绿素荧光仪广泛应用于实验室和野外光合作用研究。
光合仪和荧光仪可以独立存在，但是光反应和暗反应不会独立运行。所以，两者没有意义上的高下，因为光反应和暗反应同样重要。如果想全面的分析光合作用，光合仪和荧光仪都需要用到，使用方案是联用，同步测量气体交换和叶绿素荧光。
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