冷冻干燥机对环境是有一定要求的。环境温度高对冷冻干燥机制冷系统的散热非常不利，当环境温度高于冷媒正常工况要求的冷凝温度时，迫使冷凝压力升高，制冷量随之下降而压缩机功耗却显著上升，导致冷冻干燥机经济技术指标全面劣化。因此要求风冷型冷冻干燥机的环境除了要低于规定值外，还必须通风良好，使工作散热不在机器周围积累；水冷型冷冻干燥机的进水温度必须控制在制定温度以下。在超过额定环境温度下使用冷冻干燥机必然要付相应的经济或质量代价。一般而言环境温度低一些是有利于冷冻干燥机运行的。在太低的环境温度（例如低于零度）使用冷冻干燥机时，因为空气中水分含量本来就不多，自动排水器中的积水要间隔较长时间才能排出一次，因而要防止杯内积水结冰而损坏设备。实际上很多冷冻干燥机都不允许在2℃的环境中使用。

    冷冻干燥机距离墙体要＞30cm，工作环境应没有导电尘埃、爆炸性、腐蚀性气体及强电磁场干扰。冻干机在通气时一定要注意缓慢，旋开微通气阀1/2-3/4圈后，有稍稍吸住手指的感觉即可，禁止把微通气阀瞬间开大而损坏真空传感器。有机玻璃罩与主机靠硅胶密封圈密封，应保持密封圈的清洁，防止划伤、损伤、有机玻璃罩不可用有机溶剂擦拭。