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生物安全柜安放位置。从开口流入柜内的气流速度约为0.45米/秒。按理想的布置，应放在远离活动及可能有干扰气流的地方。尽量在安全柜的后侧及两侧留下30厘米的空间，便于维护作业。柜子上方则留下30~35厘米的高度，以便对排风过滤器的风速进行精que测量，并为排风过滤器的更换留下足够空间。
生物安全柜的去污处理。对1级和2级的去污，是将适量的低聚甲醛置于电热盘或煎锅上。另将一个放有比低聚甲醛多10%的碳酸氢的电热盘或煎锅也放在柜内(在柜外控制)。这第二个容器上应带盖，这个盖子可以从远处取下来。这样可以使提前中和的低聚甲醛达到较小。
清洁与消毒。生物安全柜内的所有物品，包括设备，都应在工作完成之后进行表面去污处理并从柜内取出，因为残留的培养介质可能会提供微生物的生长条件。安全柜的内表面应在每次使用前与使用后进行去污处理。要用消毒剂擦拭工作台表面及内壁面，使用的消毒剂应能杀死柜内可能存在的所有微生物。一天工作结束时，应进行表面去污处理，即对工作台、各个侧面、背面及玻璃的里面进行全面擦拭。
1.每日维护
1)用70%的酒精(其他杀菌剂视用户使用的材料而定)*对生物安全柜内部工作区域表面、侧壁、后壁、窗户进行表面净化。不要用含有氯的杀菌剂，因为它可能对安全柜的不锈钢结构造成损坏。也要对紫外灯和电源输出口表面进行清洁。当清洁安全柜内部区域时，操作人员除了手放以外，身体的其他任何部位不能进入安全柜
2)检查警报并检测基本气流
2.每周维护
1)用70%的酒精(其他杀菌剂视使用的材料而定)*对排水槽进行清洗
2)检查俘获纸孔处的残留物质
3.每月维护
1)用湿布对生物安全柜外部表面进行擦拭，尤其是安全柜的前面和上部，把堆积的灰尘打扫干净。
2)检查所有的维护配件的合理使用情况。
3)上述每日工作中的条目
4.每季维护
1)检查安全柜的任何物理异常或故障。检查荧光显像管确保它们工作正常
2)当不锈钢上表面有难以去除的斑点时，可以使用MEK(methyl-ethyl-ketone)。使用WEK后，快速用清水和液体清洁剂冲洗不锈钢板，并且用聚亚安酯布或者海绵进行擦拭。定期清洁不锈钢表面会使之保持表面的光滑美观。
5.每年维护
1)具备资格的认证技术人员对安全柜进行性能认证。
2)更换紫外灯
3)生物安全柜上述的每季维护
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