对于阴离子色谱，通用有三种清洗方式，分别用于清洗酸溶性、碱溶性或有机污染物，在清洗过程中必须要确保严格按照清洗过程进行，否则会引起色谱柱的局部高压而损坏色谱柱。对于有机溶剂清洗色谱柱，需要逐步减少有机溶剂的量以避免由于混和而造成的流动相粘度的变化。
 

(1)选择合适的清洗溶剂

a.对低价亲水污染物：用10倍的淋洗液；

b.对高价亲水污染物：用1到3M的盐酸作淋洗液；

c.对金属污染物：会引起色谱峰不对称性，如铁离子会引起硫酸根和磷酸根的拖尾，铝会引起磷酸根回收率降低，可采用络合剂酸类，如0.2M 草酸;

d.有机污染物：有机污染物会引起色谱柱效降低，可以采用兼容的有机溶剂清洗，有时也可以采用高浓度的盐酸与有机溶剂混合清洗则更为有效，如200mM盐酸和80%乙腈，但要注意这种溶液要混合立即使用，长时间混合会造成酸的分解并且损坏色谱柱。要特别注意色谱柱有机兼容性，如果该色谱柱只能对15%的有机溶剂兼容，这时有机溶剂浓度就不能超过15%。
 

(2)清洗过程

a.配制500mL合适的清洗溶液；

b.断开抑制器中，分别清洗保护柱和分离柱，如果分离柱和保护柱串联清洗，则将保护柱接在分离柱之后；

c.设置流速对2mm色谱柱采用0.5mL/min,而对4mm色谱柱采用1mL/min；

d.用二次去离子水冲洗色谱柱15分钟；

e.用清洗液清洗色谱柱60分钟；

f.用二次去离子水冲洗色谱柱15分钟；

g.连接抑制器，用淋洗液平衡色谱柱。