基因芯片技术是综合利用一系列微电子技术，在有限的空间内将核酸探针点到固相载体上，或者直接进行探针固相原位合成，将一系列可寻址识别的核酸探针有序集成起来，用于同时进行众多的显微核酸杂交反应，可以同时检测很多种核酸片段。基因芯片按其制作原理可以分为很多类，但目前真正成熟的，得以广泛应用的仍只有使用点样或原位合成技术的微阵列（microarray）技术。

基因芯片检测的生物学原理和前面所述的核酸探针*相似，所以可以说基因芯片就是高密度的斑点杂交技术。但正因为其高密度，导致了一个量变到质变的过程，成为炙手可热的一种新生物技术。

基因芯片与检验检疫医学关系密切，它为检验检疫工作提供了一种全新的技术，使一些检验检疫工作中难解决的问题成为可能。现有的检验检疫方法大多数只是检测单一因素或单一种类的疫病，但由于人体和疾病的复杂性，单一因素或单一种类的疫病的检测在很多情况下有很强的局限性，而芯片技术提供了一种大大突破这种局限性的解决思路，因为它能够同时检测很多种因素和很多种疫病。

下面以一款呼吸道疾病通用检测芯片为例介绍一下基因芯片在检验检疫中的应用：①将呼吸道的各种致病菌特征基因片段全部制作成探针，有序点制到固相载体上，制成芯片；②提取样品中的核酸，并对核酸进行特异性或非特异性的扩增；③将扩增产物与芯片杂交检测；④分析检测结果，判定样品中含有哪些病原微生物。

目前，基因芯片短期内仍难以在动物检验检疫得到广泛应用。其原因有：①检测的灵敏度需要加强；②检测的质控体系有待完善；③检测的成本太高。

DNA测序传统的方法是Maxam和Gilbert的化学法及Sanger的末端链终止法，但随着分子生物学的飞速发展，尤其是近年来人类基因组测序（HGP）和其他众多基因组测序工作的完成，大规模测序的技术日臻成熟。

DNA测序对于动物检验检疫工作而言，一般是用于对上述各种方法的进一步确认，而这种确认往往是不必要的，所以只是在上述方法出现模棱两可的情况时，才考虑DNA测序进行确认。