纯水/超纯水随着时间的延长而水质下降。导致水质劣化的原因来自以下几个方面：
储存器:由于纯水中溶解的离子浓度很低甚至没有，这样子纯水极易从外界环境中吸收离子污染物。 低级塑料和玻璃制造的储水器会溶出离子和有机物，增加水的电导率，劣化水质。因而推荐使用低溶出的聚乙烯储水器。
通气口:多数的储水器都有一个排气口用于取水期间空气的流通。通气口吸入外界空气的同时带入实验室空气中的CO2,细菌，颗粒和挥发性有机物。 这些都将污染储存在水箱中的纯水。因而通气口应配置空气过滤器以阻止有机物，细菌和CO2进入水箱。
设计: 在清洗过程中，无法将平底水箱的水排干。这些未能排干的水是细菌生长的一个根源。因此我们推荐使用锥形底的水箱以排干所有的水。水箱应采用吹塑成型的方式制作以防止凹凸不平的表面为细菌提供生长繁殖的场所。
分配: 好的分配泵应该在连续工作10个小时的情况下也不会造成温度的升高，温度的升高利于细菌的生长。
消毒: 哪怕是极微级的微生物的滋生，也能形成菌膜，劣化水质。所以安装一个能抑制细菌生长的消毒模块（UV灯）是很重要的。