多效蒸馏水机中产生的水垢主要有两种，一种是锅炉水垢，另一种是二氧化硅水垢，清洗时应采用不同的清洗剂：
　　
　　1、对锅炉水垢，可用氨基磺酸（NH2SO2OH），使用时用去离子水配制成浓度为1％的清洗溶液，其PH值在所1~2之间，并加热到60℃左右。也可用磷酸（H3PO4），使用时用去离子水配制成2％浓度的清洗溶液，并加热到65℃左右
　　
　　2、对二氧化硅水垢，可采用二氟化铵（NH4HF2），使用时用去离子水配制成浓度为1.5％的溶液，并加热到50℃~60℃。
　　
　　也可采有用氢氧化钠＋阴离子活性剂，配制成浓度为10％的清洗液，并加热到60℃左右。
　　
　　在化学清洗方法去除上述两种水垢时，多效蒸馏水机不少用户还采用市售的通用型不锈钢清洗剂，效果不错，使用也较方便。
　　
　　在使用酸性溶液清洗以后，一般还要求使用中和溶液进行中和。中和溶液的配制方法如下：
　　
　　在去离子水中加入0.5%的小苏打（HaHCO3）和0.1%阴离子界面活性剂。
　　
　　清洗用设备
　　
　　清洗前要准备好设备，主要有：
　　
　　1、贮罐
　　
　　其容量应大于低所需的清洗液用量。为安全起见，贮罐应设盖。盖上装有视镜（观察清洗溶液回流情况）和通气孔。
　　
　　贮罐应有加热功能，如加热夹套或浸入式加热器。应注意的是，不能直接用锅炉蒸汽或蒸馏水机引出的纯蒸汽加热清洗溶液，这样会改变清洗液的浓度。
　　
　　2、循环耐酸泵
　　
　　采用压头为2.5kg~3kg、流量为100升／分钟的耐酸泵。
　　
　　3、连接软管
　　
　　用于把清洗用贮罐和多效蒸馏水机连接成清洗回路，软管应耐酸耐压。
　　
　　4、阀门
　　
　　用于切断清洗液以及调节清洗液流量。
　　
　　清洗的要求和原理
　　
　　当多效蒸馏水机在使用过程中发现产水量有明显的下降，多效蒸馏水机或在例行检查中发现塔内有明显结垢时，即应进行清洗。
　　
　　形成水垢的原因主要纯蒸汽发生器是进料水中残存的无机盐长时间与设备内壁接触、在较高的温度和压力下形成的。