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（1）制备色谱的目的
制备色谱的目的，是以较低的成本从混合物中得到纯净物。制备色谱要争取少用填料，少用溶剂，尽可能多的拿到产品。而分析色谱的目的，是对样品进行定性或含量。因而，制备色谱的进样里比较大，柱子的分离负荷的加大。而为了保证组分*分离，增加制备色谱的柱子直径和柱子长度也就是必然。
（2）样品的前处理：
因为色谱填料的价格相对来说，比较贵。由于不可逆吸附等原因，制备色谱柱子由于处理的样品多，寿命较短。在工艺的安排上， 要尽量把色谱分离操作放到后面；在色谱柱之前，要加预柱以延长色谱填料的寿命。
（3）制备色谱柱的材质
以前因为条件限制，用玻璃柱子做层析。玻璃除了易碎外，当压力增大的时候，密封就是较大的问题。
有机玻璃的柱子在密封和抗压方面有优势，但是有机玻璃应对有机溶剂时，稳定性不是很好。
不锈钢柱子具有良好的耐腐蚀、抗压力性能，虽然价格稍微贵点，但越来越受欢迎。 当然，玻璃和有机玻璃的有机玻璃柱子也能抗压力耐腐蚀，相对不锈钢柱子而言，它是半透明的，可以看到液体的运行状态，对有色的物质其特点就更为突出，但现在多数的化学物质往往是无色的。
（4）固定相的选择
硅胶、键合固定相（如C18）、离子交换树脂 、聚酰胺、 氧化铝、 凝胶等都可以作为色谱柱的填料。
对于同一种固定相来说，粒径和孔径是为重要的参数。粒径越小，价格越高。一般制备色谱，高精度的分离推荐的填料为10um,低精度的分离可以采用20-45um的填料。
（5）装柱方法的选择
一般来说，采用湿法装填的效果较好。所谓“敲击－装填”技术只适合于粒径大于25um的固定相。一般推荐由专业的色谱商代为湿法装填，以保证分离效果。在柱子填完后，应有柱效的测量，对柱效低的柱子应该重填。
（6）流动相的选择
一般来说，制备色谱的溶剂要回收。①尽量不采用高毒性溶剂（如乙腈），而采用乙醇、甲醇。②对多元溶剂要尽可能的少用。比如说乙醇、水、乙腈三元溶液，回收会变得复杂而困难。③ 尽量不要加入盐等不挥发组分，比如说，一般用氨水而不用氢氧化钠。用醋酸而不用盐酸。④在制备中，为了降低成本，往往用分析纯溶剂，甚至是医药纯和工业纯。 在使用医药纯和工业纯，往往要用硅胶柱对溶剂过滤下，以减少热敏反应以及降低溶剂对泵和昂贵填料的影响。
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