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随着生物技术的发展，PCR仪已经发展为实验室通用仪器。一般把一次PCR扩增只能运行一个特定退火温度的PCR仪，称之为普通PCR仪。一次性PCR扩增可以设置一系列不同的退火温度条件（通常12种温度梯度）的称之为梯度PCR仪。因为被扩增的不同的DNApian段其的退火温度不同，通过设置一系列的梯度退火温度进行扩增，从而一次性PCR扩增就可以筛选出表达量高的退火温度进行有效的扩增。主要用于研究未知DNA退火温度的扩增。
对梯度PCR仪来说，温度控制指标主要是指温度的准确性、均一性、以及升降温速度。
1、温度的准确性：是指样品孔温度与设定温度的一致性，它直接关系到实验的成败。由于PCR是一个几何级数扩增的过程，不论是变性、退火还是延伸都需要准确控制温度，对退火温度而言温控显的尤为重要，有时1°甚至0.5°的差异也能决定实验的成功与失败，所谓差之毫厘，谬之千里。因而对PCR扩增仪而言温度控制就意味着质量。
2、温度的均一性：是指样品孔间的温度差异，它关系到在不同样品孔进行反应结果的一致性。有用户发现用同样的样品，同样的PCR反应程序，zui后的结果竟然差异非常明显，或许就是因为不同位置的温度不均匀所致。同时位置边缘效应对PCR实验可重复性影响非常明显。
3、升降温速率：更快的升降温速度，可以缩短反应进行的时间，而且缩短了可能的非特异性结合、反应的时间，能提高PCR反应的特异性。
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