如何在DNA序列中找到序列标签位点

NCBI的“electronic PCR(e-PCR)”工具是UniSTS资源库的一部分，可以用来寻找一段目的dna片段中的STS标记物。UniSTS (http://www.ncbi.nih.gov/genome/sts/)能提供所有有关STS标记物的资料，包括引物序列、产物大小、作图信息和别名。与之相链接的其他NCBI资源如Entrez、LocusLink和MapViewer也同样提供这些信息。e-PCR通过搜寻具有正确的方向和间距的序列且这个序列能代表用于扩增STSs的PCR引物，来寻找一段DNA序列中潜在的STSs。

先在ncbi主页上(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/)找到e-PCR的主页，然后在右手栏点击“Electronic PCR”链接。再在e-PCR主页的上端大的文本框内粘贴上目的基因序列或键入登陆号(accession number)。例如某个序列的登录号是AF288398，结果显示该序列只包含一个STS：stSG47693(或RH92759)，位于此序列的2102和2232核苷之间。

当点击“marker”下标记物的名称时，从UniSTS中出现STS的详细资料。引物的信息、PCR产物大小以及标记物的替代名称也出现在主页的上端。在不同的图谱中，STSs常有不同的名称。在“Cross-references”栏目下的LocusLink、UniGene和the Genebridge 4中，将显示这个STS的定位图。在“mapping information”部分包含能链接到NCBI的“MapViewer”浏览器。在主页的下端是“Electronic PCR results”，显示了其他序列，包括contigs(重叠群)、mRNAs和包含这个STS标记物的ESTs。

为了在所有图谱中看到STS标记物及其基因组的状况，则在“Mapping Information”部分的上端点击链接标志“MapViewer”，这个图谱浏览器会出现两张图谱。请注意，在这个视窗里，STS stSG47693被称为RH92759(用粉红色强调)。99–Genebridge 4 (GM99_GB4，位于左边)基因图谱上有46000个STS标记被放射杂交协会定位到GB4杂交面板上。STS图谱(位于右边)显示了如何使用e-PCR将STSs序列放置到基因组序列组装。灰色线将两个图谱的标记物连接起来，而红色线条显示STS RH92759在两张图谱中的位置。在这个区域，STS图谱中共有211个STSs，但在这个视窗里只标记了20个。在STS图谱的右边，点击绿色和黄色圆圈会出现STS标记物的图谱。通过左边工具条的缩放工具，可以放大或缩小这个视窗。