有害的细菌和真菌不仅可能会污染原材料和生产设备，更糟糕的是有可能会污染最终的成品。我们的Applied Biosystems MicroSEQ™快速微生物鉴定系统(图1)采用了高度精确的系统发生学方法，用于微生物的鉴定。这种方法主要是通过对细菌的16S rRNA基因和真菌大亚基的D2基因区域进行测序，并将测序结果与数据库中经过验证的序列进行比较而完成的。在rRNA测序完成后，MicroSEQ系统自动将测序结果与MicroSEQ微生物数据库中经过验证的序列进行比较。该结果根据参考序列与样本间的遗传距离排列并以遗传系统发生树的方式显示(图2)。这一系统包含广泛验证的细菌和真菌数据库。细菌序列数据库包含有超过2000个条目，这其中包括葡萄球菌、芽孢杆菌、棒状杆菌、分枝杆菌以及非发酵型革兰氏阴性菌等。真菌数据库涵盖了超过1100个条目。这两个数据库经常进行更新和扩充。