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用臭氧消毒饮用水时，没有对人体有害的残留物（如用氯消毒致癌的卤化有机物），因此用自来水厂桶装水净化臭氧发生器对提高饮用水的消毒质量非常有效。表面水含有多种有机、无机和细菌和病毒。经过臭氧深度处理后，表面水基本能达到比较好饮用水的标准。
实验证明，如果水中臭氧浓度为0.4ppm，可以杀死细菌和病毒，灭菌速度比灭菌快。饮用水经过臭氧深度处理后，水质比较好，防止管道中微生物生长，保护人体健康。如果只用紫外线消毒，只能穿过一定厚度的水层，消毒不比较*地，臭氧消毒能比较*地解决问题。
臭氧和紫外线联合消毒灭菌，效果比任何消毒方法都好，节约了能源。直接用臭氧消毒自来水要简单得多，臭氧浓度要低得多。但臭氧容易分解，臭氧末端需加少量余氯，防止细菌在供水管道中再次繁殖。臭氧处理水已广泛应用于国外。臭氧消毒后，池塘水质清澈透明，比较*地解决了氯消毒后刺激性强的眼部和皮肤问题。
臭氧消毒我国一些经济发达地区的泳池水质，效果好。区域内分质给水、饮用水处理必须用自来水厂桶装水净化臭氧发生器消毒灭菌，才能保证饮用水始终处于无菌富氧状态。臭氧分解后产生氧气，可提高食用水生物的生存质量，消毒灭菌生存场所。然而，应避免臭氧浓度超过0.1毫克/升，这对水生物有害。
