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1、均质压力
均质压力应根据料液的特性决定，提升压力的过程中其压力应逐步调节，避免压力突变。
均质过程中，物料均质压力一般不得超过2000bar，超负荷运转时，设备可短暂的超压20%运行，此后控制箱电路会自动开启切断保护功能使设备停止运行，30秒之后即可再次开机和工作。
若是在均质过程中出现压力无法上升的情况，表明上单向阀堵塞，只需用细铁丝通球阀即可。
2、样品回流、倒喷
均质过程中，应注意管路中样液流出管路的状态，若是出现回流或是倒喷，表明下单向阀堵塞，只需拆卸下单向阀，疏通阀孔即可。
3、液体泄漏
高压均质器的整个样品通路中没有o-型圈或是垫片，所有的面密封均为精密加工的金属对金属或是金属对陶瓷的密封，一般不会出现液体泄漏现象。但若是安装不当，如样品罐与单向阀扣合不*、某一组件拆卸后未安装好则会导致漏液，此时只需检查管路并严格按照安装手册要求将各个组件正确安装即可。
此外，在加气加压冲洗样品通路时，若是样品罐未*盖好，则会出现液体因气压作用冲出样品罐而导致样液漏出，此操作不会影响均质过程，但会弄脏整个外部管路，影响机器美观及维护，若是样品有毒有害则会危污染操作环境及操作人员，此时只需*旋紧样品罐后再加气加压冲洗样品通路即可避免上述现象的发生。
4、样品含有气泡或走空
采用动态均质阀的高压均质器，允许样品含有气泡或是样品走空。样品含有气泡或走空时，在均质过程中使得均质阀杆和阀座产生一定程度的碰撞，对阀杆和阀座有较大的磨损，尤其是对于手动调节的均质阀，不仅易造成均质阀磨损，甚至会直接导致均质阀的碎裂而无法使用，此外还会使得均质过程中产生极大的噪音。
动态均质阀则会较好地减小其破坏性和噪音，但是一般建议尽量避免长期使用含有大量的气泡样品和管路中样品走空情况的出现，可有效延长均质阀的使用寿命。
5、冷却水
样品冷却方式采用逆流换热，即换热器下端接进水口，上端接出水口，即可实现有效制冷。