在无特殊情况下，清洗全自动顶空进样器主要用纯水、甲醇或无水乙醇等冲洗或超声清洗，污染严重可用棉签轻轻擦拭，不可用力过度，避免破坏内表面产生活性点，然后放置到烘箱70度烘干后干燥冷却密封存放即可。
　　全自动顶空进样器的清洗步骤：
　　1、设置传送带温度为60℃，设置样品定量管和传送管温度为Off。
　　2、一旦样品定量管和传送管温度冷却到低于60℃,关闭通往顶空进样器的气体，拆下出口端的放空管线。
　　3、在传送带中插入一个空的样品瓶。
　　4、用手提起样品瓶。
　　5、用一次性注射器抽取约6ml的纯净水注射进HSS放空管。
　　6、降低样品瓶然后取出来。重复步骤3到5。
　　7、再设置一个空样品瓶并提起，然后使用一次性注射器注射足够的空气将水吹扫出来。
　　8、将传送管一端插入一个烧杯或类似容器中，并使用一次性注射器从HSS气体管出口注入约10ml水，然后注入约10ml甲醇。
　　9、使用一次性注射器注射足够的空气以吹扫出水。
　　10、重新安装好管线并打开气流。然后，切换样品瓶到Load-INJ反复几十次以将水和甲醇全部吹出样品阀和管线。