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李时珍利用太医院良好的学习环境，不但阅读了大量医书，而且对经史百家、方志类书、稗官野史，也都广泛参考。同时仔细观察了国外进口的以及国内贵重药材，对它们的形态、特性、产地都一一加以记录。过了一年左右，为了修改本草书，他再也不愿耽下去了，借故辞职。

在回家的路上，一天，李时珍投宿在一个驿站，遇见几个替官府赶车的马夫，围着一个小锅，煮着连根带叶的野草，李时珍上前询问，马夫告诉说：“我们赶车人，整年累月地在外奔跑，损伤筋骨是常有之事，如将这药草煮汤喝了，就能舒筋活血”。这药草原名叫“鼓子花”，又叫“旋花”，李时珍将马夫介绍的经验记录了下来。写道：旋花有“益气续筋”之用。此事使李时珍意识到修改本草书要到实践中去，才能有所发现。

李时珍为了修改本草书，对各种医书上的不同记载进行调查研究，为了搞清形态相似的苹、水萍和萍逢草，曾到家门口的雨湖，还到较远的马口湖、沿市湖、赤东湖进行采集，耐心观察比较，终于纠正了本草书上的长期混乱。

为了搞清白花蛇的形态，验证书本记载，李时珍来到了蕲州城北的龙蜂山捕蛇（白花蛇为蕲州特产），只听得有人唱道：“白花蛇，谁叫尔能辟风邪，上司索尔急如火，州中大夫只逼我，一时不得皮肉破”。随着歌谣而来的是几个肩背竹篓的捕蛇人，他们正朝着几棵石楠藤走去，据说白花蛇爱吃石楠藤的叶，所以石楠藤也就成了白花蛇的“家”，日夜盘缠在石楠藤上。捕蛇人发现白花蛇后，立即从地上捞起一把沙土，对准白花蛇撒去，说来也奇，白花蛇遇到沙土，真像面粉遇水一样，缩成了一团，捕蛇人立即上前用木叉往白花蛇的颈部叉去，另一手抓住蛇体的后部，这时白花蛇再也施不出威力来了。李时珍走上前去仔细观察了白花蛇的形态，只见蛇头大似三角形，嘴里长着4只长牙，背上有24块斜方格，腹部还有斑纹，与一般的蛇，确实不一样。接着，捕蛇人格蛇挂在路旁的小树上，用刀剖其腹，去其内脏，盘曲后装进了竹篓筐，据说，将蛇烘干后，才能当药用。李时珍记录了捕蛇过程中的每一个细节活动，不仅补充了本草书，也为后来编写《白花蛇传》，提供了重要材料。几年后，李时珍又根据白花蛇的祛风特性，制成了专治半身不遂和中风的“白花蛇酒”。据现代药理分析，证明白花蛇的提取物，具有镇静、镇痛，扩张血管和降压作用。