随着现代工业的发展及工业品的广泛应用，工业化学品已大量进入环境，普遍存在于土壤、水体、生物、空气及大气降尘物中，成为环境中无处不在的污染物。HPLC已经并将仍然是环境污染物分离分析的重要工具。

多环芳烃(PHAs)分析：
多环芳烃由有机燃料及其未*燃烧而产生，是引起癌症的有害物质。反相键合色谱柱可用于其分离。紫外/可见检测器检测，二极管阵列检测器可在不同波长下检测各种多环芳烃，浓度较低时可用荧光检测器检测。

酚类及胺类分析：
工业废水中的苯酚、烷基酚、芳香族化合物等，可用反相色谱柱分离，紫外/可见检测器检测。
 

表面活性剂分析：
反相离子对色谱、氨基键合色谱柱可用于表面活性剂类的分离。由于表面活性剂多缺少生色团，多用示差折光检测器、电化学检测器、或者衍生后使用紫外/可见检测器检测。