荧光定量PCR（qPCR）是以荧光为基础的定量分析技术，应用非常广泛，可以用于定量RNA的丰度（RT-qPCR），验证芯片或测序的数据，确定病原体的载量，进行基因分型等等。

    荧光定量PCR仪负责监控反应体系中荧光强度的变化，记录检测荧光达到阈值时的循环数（被称为Ct或Cq值）。从理论上说，每一个qPCR循环会使目标序列翻倍，因此人们可以在Ct值的基础上对样本进行定量。

    在进行荧光定量PCR时，我们往往会面临众多选择，每一步选择都影响着实验的zui终结果。好在市面上的qPCR产品也种类繁多，可以满足我们的各种需求。

    染料法VS探针法荧光定量PCR主要分为染料法和探针法两种。染料法一般采用DNA染料SYBR?Green（或Promega的BRYT?Green等），这种方法不仅使用简单，成本也zui低。不过染料法检测的是体系中的所有双链DNA，不具有序列特异性。为此，一些厂商提供ROX作为内部荧光参考标准，用来校正背景。

    成本低是染料法qPCR的一个主要优势，DNA染料相对比较便宜，而且适用于任何序列。不过染料法无法在同一个样本中检测多个指标，也难以鉴定扩增得到的序列，会受到脱靶效应（如引物二聚体）的影响。在这种情况下，就需要进行熔解曲线分析，判断扩增所得产物是否只有一种。