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Yeasen MaxUp ——DNA建库
2017-6-16 阅读(369)
Hieff NGSTM MaxUp DNA Library Prep Kit for Illumina®
——DNA稳定建库
1、研发背景
稳定的建库产品,您用对了吗?
DNA文库制备是高通量测序前期的核心环节,文库的产量与质量直接决定了测序数据的产量与质量。但目前市面上多数试剂盒的建库方法,耗时、昂贵且操作非常繁琐的。这些方法在性能方面也存在一定的缺陷:如仅适用于DNA量充足且品质较好的样本、Input DNA-片段化不*、常出现形成G尾、聚合物等副反应或测序文库表现出一定的偏好性等。这些情况显著降低了DNA文库的转化率,并且极大影响后续测序数据的覆盖度和准确度。
Yeasen MaxUp,您的高通量测序建库的!
翊圣生物根据现状,集中海内外高通量测序领域的科研人员,历时数年,开发了Hieff NGSTM MaxUp DNA Library Prep Kit for Illumina®常规DNA建库试剂盒,从产品设计,产品原料选用,产品性能优化,产品性能验证,产品标准制定,到产品成型,产品规模化生产,每一步都在严苛的标准、精细的研究中,实现了产品品质的飞跃。
Hieff NGSTM MaxUp DNA Library Prep Kit for Illumina®在文库产量与质量方面表现:DNA的文库构建步骤少、转化率高,相对进口同款品牌至少高出20%,使文库扩增循环数更低,显著降低了测序数据的冗余度和偏好性。在建库速度、简便性、性价比以及样本适用性方面,达到*品质。
2、产品描述
Hieff NGSTM MaxUp DNA Library Prep Kit for Illumina®是针对Illumina®高通量测序平台专业开发设计的建库试剂盒。本试剂盒可将低至1ng的微量片段化DNA制备成适用于Illumina®测序平台的文库。该试剂盒精心优化的配方体系,使他广泛适用于各种DNA样本。试剂盒整合了多个酶反应步骤,提供简并、线性化的操作方案,显著提高DNA建库效率。
Hieff NGSTM产品具有严格的生产工艺,保证提供的每批次产品都经过严格的质量控制和功能验证,zui高程度保障产品优异性能与批间稳定性。
1)2.75小时建库
Hieff NGSTM MaxUp DNA Library Prep Kit for Illumina®提供简并的、线性化的操作方案,将DNA建库时间缩短至2.75小时以内。
图1 Hieff NGSTM MaxUp DNA Library Prep Kit for Illumina®相对进口品牌N*Ultra同类型产品,建库更快。
2)文库转化率高
文库转化率,即DNA-片段转化为双端带特定接头DNA-片段的效率,是衡量建库试剂盒效率的重要指标。文库转化率强烈影响文库的多样性和质量,文库转化率高在一定程度上意味着测序覆盖度更好。
图2 Hieff NGSTM MaxUp DNA Library Prep Kit for Illumina®相对进口品牌N*Ultra同类型产品具有更高的文库转化率。
样本:片段化E.coli gDNA。接头比例:按各款试剂盒中推荐的数值。测定方法: qPCR文库定量。
3)文库扩增循环数少
获得特定产量文库所需的PCR循环数,是衡量试剂盒建库效率的另一重要指标。PCR循环数不足,可能造成文库产量低;PCR循环数过高,又将导致文库偏好性增加、冗余度增加、嵌合产物增加、扩增突变积累等多种不良后果。在获得相同产量文库时,使用的PCR循环数越少,表示试剂盒的建库效率更高。
表1 Hieff NGSTM MaxUp DNA Library Prep Kit for Illumina®相对进口品牌N*Ultra同类型产品具有更低的扩增循环数。
Input DNA(ng) | Number of cycles required to generate | |||
100ng | 1000ng | |||
Yeasen MaxUp | 品牌N* Ultra | Yeasen MaxUp | 品牌N*Ultra | |
500 | 0 | 1-2 | 3-4 | 3-4 |
100 | 3-4 | 5-7 | 7-8 | 8-9 |
50 | 6-7 | 7-9 | 8-9 | 11-13 |
10 | 9-10 | 11-13 | 12-13 | 14-16 |
1 | 12-14 | - | 16-17 | - |
4)优异的文库质量
使用Hieff NGSTM MaxUp DNA Library Prep Kit for Illumina®对100 ng E.coli gDNA建库,所得文库均为单一条带,正态分布,无杂峰,片段大小符合测序要求。
图3 Hieff NGSTM MaxUp DNA Library Prep Kit for Illumina®所建文库Agilent 2100 Bioanalyzer检测。
建库样本:片段化E. coli gDNA。双轮分选比例(Post-adapter Ligation):0.6×/0.2×和0.55×/0.15×。
5)的测序数据
测序数据是反映建库试剂盒性能的zui重要指标。使用Hieff NGSTM MaxUp DNA Library Prep Kit for Illumina®和N*Ultra品牌同类型产品用于大肠杆菌基因组DNA文库构建,并使用Illumina® Hiseq 4000平台,以PE150模式进行测序。所得Q30、碱基质量,Mapped Reads以及Coverage等方面均与品牌N*Ultra同类型产品相当,表现优异。
表2 大肠杆菌K12菌株基因组DNA测序数据统计。
Input DNA: 100ng. Illumina Hiseq 4000, PE 150, reference genome: Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655.
Product | Clean Reads | Clean Base(G) | Q30(%) | Mapped Reads(%) | Coverage(%) | Average Depth(X) |
Yeasen | 6,970,936 | 1.069 | 92.86 | 92.25 | 97.21 | 187.34 |
N*Ultra | 6,667,866 | 1.018 | 91.83 | 92.11 | 96.92 | 186.90 |
图4. Yeasen样品测序数据Fastqc报告(左:序列质量分布;右:碱基分布)。
6)*的性价比
Yeasen致力于为您提供的产品!!
图5 Hieff NGSTM MaxUp DNA Library Prep Kit for Illumina®性价比更高。
3、产品应用:
将1ng-1μg片段化DNA制备成适用于Illumina®测序平台的文库。
4、文献引用
[1] Head S R, Komori H K, LaMere S A, et al. Library construction for next-generation sequencing: overviews and challenges[J]. Biotechniques, 2014, 56(2): 61.
[2] Parkinson N J, Maslau S, Ferneyhough B, et al. Preparation of high-quality next-generation sequencing libraries from picogram quantities of target DNA[J]. Genome research, 2012, 22(1): 125-133.
[3] van Dijk E L, Jaszczyszyn Y, Thermes C. Library preparation methods for next-generation sequencing: tone down the bias[J]. Experimental cell research, 2014, 322(1): 12-20.
[4] Wolf K, O'Neil D, Schroeer S, et al. Next‐Generation Sequencing Library Preparation from FFPE Tissue Samples[J]. Current Protocols in Molecular Biology, 2016: 7.24. 1-7.24. 14.
[5] Apone L, Liu P, Panchapakesa V, et al. Enhancing clinical utility of NGS with reduced bias, low DNA input, library construction[J]. 2016.
5、常见问题
Q: 该款试剂盒适用于哪些样本的建库?
A:本试剂盒适用于所有样本的DNA建库。
Q: 在使用该款试剂盒时,不同类型的样本的Input DNA量应为多少?
A:Input DNA特指投入末端修复/dA尾添加步骤中的DNA。下表列举了本试剂盒在常见应用中推荐的Input DNA量。
表1 常见应用中推荐Input DNA量
应用 | 样本类型 | 推荐Input DNA量 |
全基因组测序 | 复杂基因组 | 50ng-1μg |
靶向捕获测序 | 复杂基因组 | 10ng-1μg |
全基因组测序,靶向捕获测序 | FFPE DNA | ≥50ng |
全基因组测序,靶向捕获测序 | cfDNA/ctDNA | ≥1ng |
全基因组测序 | 微生物基因组 | 1ng-1μg |
免疫共沉淀测序 | ChIP-DNA | ≥1ng |
靶向测序 | 扩增子 | ≥1ng |
【注】:上表为使用高质量DNA时推荐的Input DNA量,当Input DNA质量较差或需要进行片段分选时,应适当上调使用量。
Q: 文库制备过程中,是否需要片段长度分选?
A:文库制备过程中需要进行片段长度分选。分选步骤可选择在末端修复/dA尾添加之前,或在接头连接之后,或在文库扩增之后进行。当Input DNA质量≥50ng,您可选择在接头连接后分选;如Input DNA质量<50ng,建议您在文库扩增后进行分选。
Q: 使用该款试剂盒所得的文库是否可以用于Ion Torrent平台?
A:本款试剂盒针对Illumina®平台开发,所得文库仅适用于Illumina®平台。
Q: 产品的有效期与保存方法?
A:产品所有组分-20°C保存,有效期1年。
Q: 纯化和分选步骤,可以使用哪些磁珠?
A:纯化和分选步骤,建议使用Hieff NGSTM DNA Selection Beads(Cat#12601)或AMPure XP Beads(Cat#A63880)或其他等效产品。
6、订购信息
产品 | 货号 | 规格 | 价格(元) |
Hieff NGSTM MaxUp DNA Library Prep Kit for Illumina | 12201ES08 | 8libraries | 1726.00 |
12201ES24 | 24libraries | 4626.00 | |
12201ES96 | 96 libraries | 16626.00 |
7、相关产品推荐
测序文库制备,您还可能用到
建库试剂盒 | 产品编号 | 规格 | 价格(元) |
Hieff NGSTM Nano DNA Library Prep Kit for Illumina® | 12202ES08 | 8libraries | 2456.00 |
12202ES24 | 24libraries | 6486.00 | |
12202ES96 | 96libraries | 23567.00 | |
| |||
建库模块 | 产品编号 | 规格 | 价格(元) |
Hieff NGSTM DNA Selection Beads(Superior Ampure XP alternative) | 12601ES03 | 1mL | 296.00 |
12601ES08 | 5mL | 986.00 | |
12601ES56 | 60mL | 6286.00 | |
12601ES75 | 450mL | 26186.00 | |
Hieff NGSTM End Repair Module | 12605ES20 | 20T | 1466.00 |
Hieff NGSTM dA-Tailing Module | 12606ES20 | 20T | 1766.00 |
Hieff NGSTM Fast-Pace DNA Ligation Module | 12607ES24 | 24T | 3266.00 |
12607ES96 | 96T | 10866.00 | |
Hieff NGSTM Fast-Pace End Repair/dA-Tailing Module | 12608ES24 | 24T | 2066.00 |
12608ES96 | 96T | 6166.00 | |
Hieff NGSTM Fast-Pace DNA Fragmentation Reagent | 12609ES50T | 50T | 1466.00 |
Hieff NGSTM Single-Indexed Adapter Kit for Illumina®, Set 1 | 12611ES24 | 24T | 1166.00 |
12611ES96 | 96T | 4366.00 | |
Hieff NGSTM Single-Indexed Adapter Kit for Illumina®, Set 2 | 12612ES24 | 24T | 1166.00 |
12612ES96 | 96T | 4366.00 | |
Hieff NGSTM Dual-Indexed Adapter Kit for Illumina® | 12614ES96 | 96T | 6566.00 |
Hieff NGSTM Complete Adapter Kit for Illumina®, Set 1 | 12615ES04 | 12×4T | 1256.00 |
12615ES16 | 12×16T | 4536.00 | |
Hieff NGSTM Complete Adapter Kit for Illumina®, Set 2 | 12616ES04 | 12×4T | 1256.00 |
12616ES16 | 12×16T | 4536.00 | |
2×Super CanaceTM High-Fidelity Mix for Library Amplification | 12620ES03 | 1mL | 526.00 |
12620ES08 | 5×1mL | 1426.00 | |
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文库定量 | 产品编号 | 规格 | 价格(元) |
Hieff NGSTM Library Quantification Kit for Illumina®, qPCR Master Mix | 12302ES05 | 500T | 1526.00 |
Hieff NGSTM Library Quantification Kit for Illumina®, DNA Standard (1-6) | 12307ES09 | 6×96μL | 2126.00 |
Picogreen dsDNA Quantitation Reagent 双链DNA(dsDNA)定量试剂 | 10224ES01 | 100µL | 518.00 |
10224ES02 | 5×100µL | 2118.00 | |
10224ES03 | 10×100µL | 3848.00 | |
10224ES04 | 1×1mL | 3768.00 | |
Picogreen dsDNA Assay Kit 双链DNA(dsDNA)定量检测试剂盒 | 10225ES84 | 2000T | 4238.00 |