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Yeasen MaxUp ——DNA建库

2017-6-16  阅读(369)

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Hieff NGSTM MaxUp DNA Library Prep Kit for Illumina®

——DNA稳定建库

 

1、研发背景

稳定的建库产品,您用对了吗?

DNA文库制备是高通量测序前期的核心环节,文库的产量与质量直接决定了测序数据的产量与质量。但目前市面上多数试剂盒的建库方法,耗时、昂贵且操作非常繁琐的。这些方法在性能方面存在一定的缺陷:如仅适用于DNA量充足且品质较好的样本Input DNA-片段化不*、常出现形成G尾、聚合物等副反应或测序文库表现出一定的偏好性等这些情况显著降低了DNA文库的转化率,并且极大影响后续测序数据覆盖度准确度。

Yeasen MaxUp,您的高通量测序建库的!

翊圣生物根据现状,集中海内外高通量测序领域的科研人员,历时数年,开发了Hieff NGSTM MaxUp DNA Library Prep Kit for Illumina®常规DNA建库试剂盒,从产品设计,产品原料选用,产品性能优化,产品性能验证,产品标准制定,到产品成型,产品规模化生产,每一步都在严苛的标准、精细的研究中,实现产品质的飞跃。

Hieff NGSTM MaxUp DNA Library Prep Kit for Illumina®在文库产量与质量方面表现DNA的文库构建步骤少、转化率高,相对进口同款品牌至少高出20%,使文库扩增循环数更低,显著降低了测序数据的冗余度和偏好性在建库速度、简便性、性价比以及样本适用性方面,达到*品质。

2、产品描述

Hieff NGSTM MaxUp DNA Library Prep Kit for Illumina®是针对Illumina®高通量测序平台专业开发设计的建库试剂盒。本试剂盒可将低至1ng的微量片段化DNA制备成适用于Illumina®测序平台的文库。该试剂盒精心优化的配方体系,使他广泛适用于各种DNA样本试剂盒整合了多个酶反应步骤,提供简并、线性化的操作方案,显著提高DNA建库效率

Hieff NGSTM产品具有严格的生产工艺,保证提供的每批次产品都经过严格的质量控制和功能验证,zui高程度保障产品优异性能与批间稳定性。

1)2.75小时建库

Hieff NGSTM MaxUp DNA Library Prep Kit for Illumina®提供简并的、线性化的操作方案,将DNA建库时间缩短至2.75小时以内。

     

图1 Hieff NGSTM MaxUp DNA Library Prep Kit for Illumina®相对进口品牌N*Ultra同类型产品,建库更快。

2)文库转化率高

文库转化率即DNA-片段转化为双端带特定接头DNA-片段的效率是衡量建库试剂盒效率的重要指标文库转化率强烈影响文库的多样性和质量,文库转化率高在一定程度上意味着测序覆盖度更好。

 

图2 Hieff NGSTM MaxUp DNA Library Prep Kit for Illumina®相对进口品牌N*Ultra同类型产品具有更高的文库转化率。

样本片段化E.coli gDNA接头比例按各款试剂盒中推荐的数值。测定方法: qPCR文库定量。

3)文库扩增循环数少

获得特定产量文库所需的PCR循环数,是衡量试剂盒建库效率的另一重要指标。PCR循环数不足,可能造成文库产量低;PCR循环数过高,又将导致文库偏好性增加、冗余度增加、嵌合产物增加、扩增突变积累等多种不良后果。在获得相同产量文库时,使用的PCR循环数越少,表示试剂盒的建库效率更高。

表1 Hieff NGSTM MaxUp DNA Library Prep Kit for Illumina®相对进口品牌N*Ultra同类型产品具有更低的扩增循环数

Input DNAng

Number of cycles required to generate

100ng

1000ng

Yeasen MaxUp

品牌N* Ultra

Yeasen MaxUp

品牌N*Ultra

500

0

1-2

3-4

3-4

100

3-4

5-7

7-8

8-9

50

6-7

7-9

8-9

11-13

10

9-10

11-13

12-13

14-16

1

12-14

-

16-17

-

4)优异的文库质量

使用Hieff NGSTM MaxUp DNA Library Prep Kit for Illumina®对100 ng E.coli gDNA建库,所得文库均为单一条带,正态分布,无杂峰,片段大小符合测序要求

 

 

图3 Hieff NGSTM MaxUp DNA Library Prep Kit for Illumina®所建文库Agilent 2100 Bioanalyzer检测

建库样本:片段化E. coli gDNA。双轮分选比例(Post-adapter Ligation):0.6×/0.2×和0.55×/0.15×

5)测序数据

测序数据是反映建库试剂盒性能的zui重要指标。使用Hieff NGSTM MaxUp DNA Library Prep Kit for Illumina®和N*Ultra品牌同类型产品用于大肠杆菌基因组DNA文库构建,并使用Illumina® Hiseq 4000平台,以PE150模式进行测序。所得Q30、碱基质量,Mapped Reads以及Coverage等方面均与品牌N*Ultra同类型产品相当,表现优异。

表2 大肠杆菌K12菌株基因组DNA测序数据统计

Input DNA: 100ng. Illumina Hiseq 4000, PE 150, reference genome: Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655.

Product

Clean Reads

Clean Base(G)

Q30(%)

Mapped Reads(%)

Coverage(%)

Average Depth(X)

Yeasen

6,970,936

1.069

92.86

92.25

97.21

187.34

N*Ultra

6,667,866

1.018

91.83

92.11

96.92

186.90

 

 

图4. Yeasen样品测序数据Fastqc报告(左:序列质量分布;右:碱基分布)。

6)*的性价比

Yeasen致力于为您提供的产品!!

 

图5 Hieff NGSTM MaxUp DNA Library Prep Kit for Illumina®性价比更高

3、产品应用:

将1ng-1μg片段化DNA制备成适用于Illumina®测序平台的文库。

4、文献引用

[1] Head S R, Komori H K, LaMere S A, et al. Library construction for next-generation sequencing: overviews and challenges[J]. Biotechniques, 2014, 56(2): 61.

[2] Parkinson N J, Maslau S, Ferneyhough B, et al. Preparation of high-quality next-generation sequencing libraries from picogram quantities of target DNA[J]. Genome research, 2012, 22(1): 125-133.

[3] van Dijk E L, Jaszczyszyn Y, Thermes C. Library preparation methods for next-generation sequencing: tone down the bias[J]. Experimental cell research, 2014, 322(1): 12-20.

[4] Wolf K, O'Neil D, Schroeer S, et al. Next‐Generation Sequencing Library Preparation from FFPE Tissue Samples[J]. Current Protocols in Molecular Biology, 2016: 7.24. 1-7.24. 14.

[5] Apone L, Liu P, Panchapakesa V, et al. Enhancing clinical utility of NGS with reduced bias, low DNA input, library construction[J]. 2016.

5、常见问题

Q: 该款试剂盒适用于哪些样本的建库?

A:本试剂盒适用于所有样本的DNA建库。

Q: 在使用该款试剂盒时,不同类型的样本的Input DNA量应为多少?

A:Input DNA特指投入末端修复/dA尾添加步骤中的DNA。下表列举了本试剂盒在常见应用中推荐的Input DNA量。

表1 常见应用中推荐Input DNA量

应用

样本类型

推荐Input DNA量

全基因组测序

复杂基因组

50ng-1μg

靶向捕获测序

复杂基因组

10ng-1μg

全基因组测序,靶向捕获测序

FFPE DNA

≥50ng

全基因组测序,靶向捕获测序

cfDNA/ctDNA

≥1ng

全基因组测序

微生物基因组

1ng-1μg

免疫共沉淀测序

ChIP-DNA

≥1ng

靶向测序

扩增子

≥1ng

【注】:上表为使用高质量DNA时推荐的Input DNA量,当Input DNA质量较差或需要进行片段分选时,应适当上调使用量。

Q: 文库制备过程中,是否需要片段长度分选?

A:文库制备过程中需要进行片段长度分选。分选步骤可选择在末端修复/dA尾添加之前,或在接头连接之后,或在文库扩增之后进行。当Input DNA质量≥50ng,您可选择在接头连接后分选;如Input DNA质量<50ng,建议您在文库扩增后进行分选。

Q: 使用该款试剂盒所得的文库是否可以用于Ion Torrent平台?

A:本款试剂盒针对Illumina®平台开发,所得文库仅适用于Illumina®平台。

Q: 产品的有效期与保存方法?

A:产品所有组分-20°C保存,有效期1年。

Q: 纯化和分选步骤,可以使用哪些磁珠?

A:纯化和分选步骤,建议使用Hieff NGSTM DNA Selection Beads(Cat#12601)或AMPure XP Beads(Cat#A63880)或其他等效产品。

6、订购信息

产品

货号

规格

价格(元)

Hieff NGSTM MaxUp DNA Library Prep Kit for Illumina

12201ES08

8libraries

1726.00

12201ES24

24libraries

4626.00

12201ES96

96 libraries

16626.00

7、相关产品推荐

测序文库制备,您还可能用到

建库试剂盒

产品编号

规格

价格(元)

Hieff NGSTM Nano DNA Library Prep Kit for Illumina®

12202ES08

8libraries

2456.00

12202ES24

24libraries

6486.00

12202ES96

96libraries

23567.00

 

建库模块

产品编号

规格

价格(元)

Hieff NGSTM DNA Selection Beads(Superior Ampure XP alternative)

12601ES03

1mL

296.00

12601ES08

5mL

986.00

12601ES56

60mL

6286.00

12601ES75

450mL

26186.00

Hieff NGSTM End Repair Module

12605ES20

20T

1466.00

Hieff NGSTM dA-Tailing Module

12606ES20

20T

1766.00

Hieff NGSTM Fast-Pace DNA Ligation Module

12607ES24

24T

3266.00

12607ES96

96T

10866.00

Hieff NGSTM Fast-Pace End Repair/dA-Tailing Module

12608ES24

24T

2066.00

12608ES96

96T

6166.00

Hieff NGSTM Fast-Pace DNA Fragmentation Reagent

12609ES50T

50T

1466.00

Hieff NGSTM Single-Indexed Adapter Kit for Illumina®, Set 1

12611ES24

24T

1166.00

12611ES96

96T

4366.00

Hieff NGSTM Single-Indexed Adapter Kit for Illumina®, Set 2

12612ES24

24T

1166.00

12612ES96

96T

4366.00

Hieff NGSTM Dual-Indexed Adapter Kit for Illumina® 

12614ES96

96T

6566.00

Hieff NGSTM Complete Adapter Kit for Illumina®, Set 1

12615ES04

12×4T

1256.00

12615ES16

12×16T

4536.00

Hieff NGSTM Complete Adapter Kit for Illumina®, Set 2 

12616ES04

12×4T

1256.00

12616ES16

12×16T

4536.00

2×Super CanaceTM High-Fidelity Mix for Library Amplification

12620ES03

1mL

526.00

12620ES08

5×1mL

1426.00

 

 

 

 

文库定量

产品编号

规格

价格(元)

Hieff NGSTM Library Quantification Kit for Illumina®, qPCR Master Mix

12302ES05

500T

1526.00

Hieff NGSTM Library Quantification Kit for Illumina®, DNA Standard (1-6)

12307ES09

6×96μL

2126.00

Picogreen dsDNA Quantitation Reagent 双链DNA(dsDNA)定量试剂

10224ES01

100µL

518.00

10224ES02

5×100µL

2118.00

10224ES03

10×100µL

3848.00

10224ES04

1×1mL

3768.00

Picogreen dsDNA Assay Kit 双链DNA(dsDNA)定量检测试剂盒

10225ES84

2000T

4238.00

 

 

 

 

 

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