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细菌是否有芽孢以及芽孢的形状和位置都是细菌的重要特征，细菌的芽孢壁比营养细胞的细胞壁结构复杂、致密、通透性低，着色和脱色都比营养细胞困难。芽孢有很强的抗热和抗化学物质的特性，当采用碱性染料并加热或延长染色时间时，使菌体和芽孢都能着色，再用蒸馏水冲洗脱去菌体颜色，但芽孢的颜色仍然可以保留，可以在显微镜下明显区分芽孢和营养体的形态。
Leagene芽孢染色液(Scharffer-Fulton法)主要由孔雀绿染色液和芽孢复染色液组成，因此该法又称为孔雀绿法，芽孢会被染成绿色，营养体呈红色，试剂比较灵敏，操作简单，结果判断更可靠，但应注意观察芽孢应在成熟期，但也不能过久，否则只能看到芽孢，而营养体已经消失。该试剂仅用于科研领域，不适用于临床诊断或其他用途。
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