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一些组织内含有骨质或钙化灶时，含钙的组织不宜直接用石蜡包埋切片，这是因为钙和石蜡之间的密度不同，较难切除完整的切片。对含钙组织固定之后，再进行脱钙或二者同时进行，然后进行下游的实验，如脱水、透明、浸蜡、包埋、切片，用于脱钙的试剂很多，脱钙剂包括有机酸、无机酸、乙二胺四乙酸(EDTA)以及电解法脱钙。
在脱钙的过程中，应每隔一段时间检测一次脱钙程度，避免脱钙过度，脱钙过度会增加组织的损伤程度，进而影响染色结果。Leagene脱钙终点检测试剂盒(化学法)由氨水、草酸铵等组成，当加入草酸铵后无沉淀产生，说明已达脱钙终点。该试剂仅用于科研领域，不适用于临床诊断或其他用途。
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