石英亚沸蒸馏水器在使用一段时间后，水垢就聚在横式烧瓶内及加热管表面上，这时必须要进行清洗，清洗的次数主要视自来水的硬度和使用时间而定，如仪器长时间不进行清洗，要影响蒸馏效果，严重的要损坏加热管，并且清洗时间要延长。