BD C6流式细胞仪由液流系统、光学与信号转换测试系统和数字信号处理及放大的计算机系统三大基本结构组成。在对细胞悬液中的单个细胞或其超微结构进行多参数快速自动分析过程中，每秒钟能测量数千个至数万个细胞，能在分析过程中按实验设计要求对特定细胞进行分析，带细胞分选系统的流式细胞仪还可按实验设计要求分选出具相同特征的同类型细胞，用于培养或进一步研究。
　　BD C6流式细胞仪的光学系统由激光光源、分光镜、光束成形器、透镜组和光电倍增管组成。
　　1.激光光源：流式细胞仪采用的多为气冷式氩离子激光器。
　　2.分色反光镜：作用是反射较长波长的光，通过较短波长的光。
　　3.光束成形器：由两个十字交叉放置的圆柱形透镜组成，作用是将激光器发射的激光束聚焦成的椭圆光斑。
　　4.透镜组：有三个透镜，作用是将激光和荧光变成平行光，同时除去离散的室内光。
　　5.滤片：长通滤片一允许长于设定波长的光通过；短通滤片一允许短于设定波长的光通过；带通滤片一允许一定带宽的波长通过，其他波长的光不能通过。
　　6.光电倍增管：由FS，SS，FLl，FL2，FL3，FIA组成，主要作用是检测荧光和散射光，同时将光学信号转换成电脉冲(数字数据)信号。当调整PMT电压，脉冲信号也发生改变。