Feulgen stain 的原理是DNA经温和的弱酸(例如盐酸)水解后，嘌呤碱与脱氧核糖间的糖苷键被打开，并且使脱氧核糖与磷酸间的磷酯键断开，在脱氧核糖的一端形成游离的醛基。醛基在原位与Schiff reagent结合，形成紫红色化合物，使细胞内含有DNA的部位呈紫红色。紫红色的产生是因为反应产物的分子内有醌基（醌基是一个具有颜色的发色团），所以凡含有DNA的部位，就呈紫红色。
    染色后用SO2水洗片，目的是洗去多余的非特异性色素及扩散的染料。亚硫酸可与碱性品红反应生成品红亚硫酸，从而可以将用schiff剂染色时所残留的碱性品红反应掉。使其更加清晰、洁净。