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纳米孔尺度对DNA输运速度的影响

阅读:292          发布时间:2013-9-30

基于纳米孔单分子传感器的第三代DNA测序技术,因其低成本,高通量等优势很有可能成为人类测序*的创举。zui近的一项研究发现,DNA在穿过10.8纳米的纳米孔道时的速度比穿过4.8纳米的纳米孔的速度降低了一倍,这对于实现DNA减速及单碱基测序意义重大。

这篇名为“氮化硅纳米孔尺度对poly(dT)30单链DNA过孔信号的影响机理”的研究论文发表于《中国科学:技术科学》英文版2013年第10期,从实验和理论上解释了DNA穿过大孔的输运速度较小孔慢的原因,由东南大学江苏省微纳生物医疗器械设计与制造重点实验室*飞教授担任通讯作者,其博士生司伟撰写。

自2006年公布了人类*号染色体的基因测序图之后,基因测序技术继续不断发展成熟,然而距离1000美元24小时测序的目标还存在一定距离。其中主要原因之一是DNA在纳米孔测序时的过孔速度极快,甚至达到10个碱基每微妙。要想检测DNA的序列,目前可以从两方面着手:一,提高检测设备的采样频率(达到2MHz以上);二,降低DNA的过孔速度。

*飞教授认为结合现有的电子采频现状要将检测频率提高到2MHz还是比较困难的,因此目前只能通过某种其他途径来提高DNA过孔的时间,从而实现测序。

该课题组在测序方面有所突破其中*的因素之一,是他们的高精度加工工艺:首先经过湿法刻蚀的方法将硅-氮化硅薄膜上的硅膜刻穿,露出氮化硅薄膜,然后用聚焦离子束(FIB)对氮化硅薄膜进行减薄粗加工,将氮化硅薄膜厚度减薄到约10纳米厚,zui后用扫描电子显微镜(TEM)在减薄区域加工10纳米以下的纳米孔。

通过实验(图1)和理论模拟(图2),他们相信,虽然纳米孔测序技术现在还有亟待解决的瓶颈,但是zui终实现1000美元24小时的亲民测序技术一定会成功实现,以满足大众需求。

该研究得到了国家重点基础研究发展计划(973)(批准号:2011CB707605),国家自然科学基金资助项目(批准号: 50925519, 51003015, 51005048)和教育部博士点基金批准项目(批准号:20100092110051)的资助。 

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