我们及他人都在致力于鉴定那些可与疾病特异性相关的抗体（疾病特异性抗体，DS-Ab）相结合的多肽。这里我们所描述的方法，是用来鉴定丙型肝炎感染（HCV）特异性相关抗体的相应配体。HCV是一种性慢性肝病的主要病因。利用来自HCV感染者和非感染者的血清（以下分别称为阳性血清和阴性血清）进行噬菌体展示文库筛选。该实验方案涵盖了从构建噬菌体文库到鉴定HCV特异性抗体配体的全部实验步骤。本章所提及的大部分思路和实验方案同样适用于其他复杂的受体体系。

 

    随机肽文库

    目前主要有两种利用丝状噬菌体的噬菌体展示系统，均已被开发并广泛应用超过15年。外源肽段是以N端融合到次要（pⅢ）或主要衣壳蛋白（pⅧ）的形式进行表达的。区分这两种表达系统的特征是其每个噬菌体颗粒所展示的拷贝数目：在基于pⅢ的系统中，每个噬菌体展示拷贝数可从少于1个至多达5个；而基于pⅧ的系统中，每个噬菌体衣壳上却可以展示数十到数百个多肽。后一种特性业已证明在用血清筛选，尤其是对随机肽文库筛选时，具有更显著的优势。实际上，噬菌体表面上多肽的高拷贝展示，增加了噬菌体-抗体相互作用的亲和性，从而即使不是全部，也可以选择到血清样本中的大多数抗体。通过在体外将合成的随机序列克隆到展示载体上来构建文库，而后连接产物转化到细菌中。以前这zui后一步的效率将噬菌体文库复杂度限制在包含不超过108个不同序列以内。因此，随机肽文库通常只包含了所有可能序列的很少部分。我们已试图通过增加肽文库的有效复杂度来改进这种状况。用一种密码子为基础的方法合成随机序列，即每一位点仅有20个用于编码20个不同氨基酸的三联体密码子，如此就消除了密码子的简并性并剔除了终止密码子。

 

    天然表位文库

    在传染性因子已知并可得到其基因组的情况下，一种鉴定DS-Ab配体的诱人方法是构建一个噬菌体展示互补DNA（cDNA）文库，然后用来自病人的血清筛选。这种方法有明显优势，这是因为天然表位序列可优先涵盖于噬菌体文库中。然而，必须记得，在整合到噬菌体颗粒之前，融合在pⅢ或者pⅧ上的配体要先移行通过大肠杆菌的分泌胞器并转运到外周质腔中折叠。妨碍融合肽的正确加工和（或）折叠过程，可能会极大地影响这些噬菌体文库的有效复杂度。

 

    在天然表位文库中，特别对于那些构象表位，外源肽的大小可能比噬菌体表面所能展示的拷贝数更加重要。这就是为什么pⅢ或pXⅢ均会被采用的原因。在此，我们描述一个噬菌体文库的构建，来自HCV基因组的序列将被展示在噬菌体表面上。