生物通报道  “F1000（Faculty of 1000 Medicine）”又名“千名医学家”，是由美国哈佛大学和英国剑桥大学等*2500名*医学教授组成的机构。近日F1000推荐的近期zui受关注的基因组测序研究如下：

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1.致死性大肠杆菌

6月2日，深圳华大基因研究院、德国汉堡大学医学院、中国疾病预防与控制中心和军事医学科学院微生物流行病研究所联合研究揭示德国疫情是由一种新型具有超级毒性的大肠杆菌引起的，该新型菌株携带多种耐抗生素的特异基因，致使其难以治疗。

德国大肠杆菌疫情爆发之后，华大基因立即建立开展合作，自发地加入到这场与疾病的研究中，成立专门研究小组对该细菌进行测序和生物信息学分析，以便尽快寻找到致病机理，研发有针对性的治疗措施并有效的控制疫情的蔓延。在获得病菌样本后三天的时间内，华大基因完成了对该新型大肠杆菌的基因组测序。经过初步信息分析，发现该菌株是一种新的兼具侵袭、产毒、肠出血等特征的大肠杆菌。

华大基因利用第三代测序仪——Ion Torrent进行了该大肠杆菌的全基因组测序（索取Ion Torrent测序仪的更多资料），初步组装结果预测的菌株基因组大小为5.2Mb。通过对序列的分析发现该菌株属于血清型O104，但O104型大肠杆菌以前未见引起人类感染大规模爆发的报道。通过进一步比对分析发现该菌株与2002年从中非艾滋病患者腹泻标本中分离的肠侵袭性大肠杆菌55989菌株的同源性超过93%。根据对基因序列的分析结果显示，导致疫情爆发的菌株通过基因水平转移获得了肠出血性大肠杆菌的毒力基因和毒力相关质粒，可能与该菌株强毒性和重症感染有关。研究还发现，该菌株携带氨基糖甙类、大环内酯类、磺胺类等抗生素的耐药基因，导致抗生素治疗无效。

D. Li, et al., “Genomic data from Escherichia coli O104:H4 isolate TY-2482,” BGI Shenzhen, doi:10.5524/100001, 2011.

2.袋獾基因组

科研人员已经测出了袋獾的基因组。袋獾是*现存zui大的肉食有袋动物，它们的种群受到一种传染性的面部癌症的威胁。保护越来越少的袋獾（Sarcophilus harrisii）的举措在很大程度上把重点放在了维持一群人工养殖的袋獾，然后在这种致命的癌症（报告是在1996年）在野外自然发展消失后把它们释放到它们的自然栖息地中。

为了帮助改善这些保护举措，Stephan C. Schuster及其同事对来自塔斯马尼亚西北和东南（澳大利亚的这个岛州的相距zui远的点）的两只袋獾Cedric 和Spirit进行了全基因组分析。此外，这组作者还对当前的和博物馆保存的袋獾组织样本进行了线粒体和核基因组的测序，结果发现当前袋獾遗传多样性低可能早于这种传染性癌症的暴发至少一个世纪。

这组作者说，这些发现提示来自整个塔斯马尼亚的袋獾必须被纳入到人工养殖项目中来，从而保存并增加它们的遗传多样性。他们说，这样一种在遗传上有特色的养殖群体有可能帮助培育出更抗病的袋獾，并且实现对这种濒危物种的保护。此外，这些基因组数据可能帮助解释为什么某些袋獾能够抵抗这种面部癌症的遗传基础。

W. Miller, et al., “Genetic diversity and population structure of the endangered marsupial Sarcophilus harrisii （Tasmanian devil）,” PNAS, doi:10.1073/pnas.1102838108, 2011.