被烷基化或脱氨基的DNA碱基，在一个保护基因组完整性、但同时又会干预癌症烷基化疗法的过程中被DNA糖基化酶（修复酶）清除。迄今所研究的DNA糖基化酶采用一个被修饰的碱基插入活性点的机制。

现在，zui近发现的DNA糖基化酶AlkD的结构已被确定，并且也显示了一个非常不同的机制。按这种机制，被修饰的碱基从一个“螺旋外”位置伸出，这个位置只使N3- 和N7-被烷基化的碱基发生解理。

DNA与AlkD的串联HEAT重复段的相互作用使DNA 骨干发生扭曲，从而使“非Watson–Crick碱基对”能够被检测到。AlkD酶在细菌、古细菌、植物和真核生物中普遍存在，这便提出了一个有趣的问题：为什么消除基因组烷基化损伤会有另一种机制？（生物谷）