rpoB是RNA聚合酶p亚单位编码基因，具有较高的保守性，不同杆菌的rpoB序列特征比较一致，炭疽杆菌rpoB基因至少存在4个稳定的变异位点。在研究早期，Patra等发现炭疽杆菌基因组特异性序列BA813（位于rpoB内部）能够区分炭疽杆菌和其他杆菌，可以用于分子诊断。根据变异位点序列特征，Qi等成功地设计了FRET荧光探针实时定量PCR检测体系。Levine等利用该序列成功检测出福尔马林固定组织的炭疽杆菌。但也有人报道，利用BA813序列设计的检测体系与其他杆菌存在交叉反应。

 

    gyrB基因是DNA拓扑酶U（topoisomeraseⅡ）的ATP酶区域的编码序列，长约2kb。通过序列比较和DNA杂交发现，炭疽杆菌gyrB基因序列比16SrRNA更加具有自身特点，可以作为诊断标志性序列。这些高度保守基因序列基本一致，但少数位点上存在稳定变异。因此，利用这些序列作为炭疽杆菌检测的标志，对检测引物或探针的设计要求比较严格，同时也增加了出现假阳性结果的可能。此外，16-23SRNAs及拓扑异构酶A、拓扑异构酶B亚单位编码基因间隔序列分析，对于诊断和鉴定炭疽杆菌亦有重要价值。