FZ32 实验服务 高通量测序

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高通量测序

产品介绍：
服务内容：
l 基因组de novo测序
1  基因组DNA提取
2  构建不同长度的基因组文库
3  上机测序
4  数据处理：去除接头序列、污染序列等
5  基因组拼装统计：原始数据统计、测序深度分析、覆盖度统计、GC含量分析等；
6  基因组注释：基因预测、基因功能注释、重复序列分析、nocoding RNA注释等；
7  基因功能分析　GO分析，KEGG通路分析等；
8  比较基因组学及进化分析：物种系统发育树构建、基因家族鉴定、基因共线性分析等。
 
l 基因组重测序
1  基因组DNA提取
2  构建基因组测序文库
3  上机测序
4  数据处理：去除接头序列、污染序列等
5  序列比对
6  SNP、 InDel、CNV、SV检测等
 
l 宏基因组测序
1  基因组DNA提取
2  构建基因组测序文库
3  上机测序
4  数据处理：去除接头序列、污染序列等
5  宏基因组组装：原始数据统计、测序深度分析、覆盖度统计、GC含量分析等；
6  样品复杂度分析：将测序所得Reads与业数据库进行比对统计；
7  物种分类：基因预测、相对丰度计算等；
 
l 真核生物转录组测序
1  RNA提取
2  构建测序文库
3  上机测序
4   数据分析：
     无参考基因组的转组分析
Ø 基本数据处理（图像识别，碱基识别，测序街头序列过滤，样品污染可能性检测）
Ø 测序数据产量统计，数据成分和质量评估；
Ø Contig及Scaffold长度分布；
Ø Unigene的长度分布，GO分类，功能注释，代谢通路分析，表达差异分析。
有参考基因组的转录组分析
Ø 基本数据处理（图像识别，碱基识别，测序街头序列过滤，样品污染可能性检测）；
Ø 与参考基因组比对后的注释信息；
Ø 基因在基因组上的分布；
Ø 测序深度分布，测序随机性评估，基因差异表达分析；
 
l Small RNA测序
1  RNA提取
2  连接接头及纯化Samll RNA
3  上机测序
4  数据处理：去除接头序列、污染序列等
5  样品间的公共序列和特异序列的分析
6  Small RNA 与rRNA、tRNA、snRNA、snoRNA的比对信息
7  Small RNA 与重复序列的比对信息（需提供选定参考基因组对应的重复序列注释信息）；
8  Small RNA 与 miRBase 中范围的已知的 miRNA 的比对；
9  按照优先将 small RNA 进行分类注释； 
10 利用Mireap 对没有注释的small RNA 进行预测，预测新的 miRNA ；
11样品间miRNA 差异分析（2个或2个以上样品）和聚类分析（3个或3个以上样品) ；
12  MiRNA 靶基因预测（需要提供基因编码序列）；
 
l 简化基因组测序
1  基因组DNA提取 酶切 接接头
2  上机测序
3  数据分析
 
未知参考基因组的信息分析流程
Ø 原始数据整理、过滤及质量评估；
Ø 标记位点分析（标记位点鉴定，SNPs位点与InDel位点鉴定）；
Ø 全基因组关联分析（GWAS）；
Ø 连锁分析和QTL定位；
Ø 种群进化分析。
已知参考基因组的信息分析流程      
Ø 原始数据整理、过滤及质量评估；
Ø 标记位点分析（标记位点鉴定，SNPs位点与InDel位点鉴定）；
Ø SNP单体型图谱分析；
Ø 全基因组关联分析（GWAS）；
Ø 连锁分析和QTL定位；
Ø 种群进化分析。
 
l 细菌16S rDNA测序
 
1  基因组DNA提取 PCR扩增
2  上机测序
3  原始数据整理、过滤及质量评估；
4  OTU列表生成及注释；
5  丰度分析（Alpha多样性分析、物种丰度差异分析、聚类分析）；
6  群落结构分析（单样品物种分布、 多样品物种分布、含进化关系的
物种分布、Beta多样性分析）。
服务说明：
1、提供实验材料，其必须保证新鲜，请您采样后立即放入液氮中速冻或加入样品稳定剂。
2、如果提供DNA，我们要对其进行评估。基因组DNA无明显降解，浓度≥500 ng/ul，总量
   大于30μg。
3、如果样品可以用Trigol法提总RNA ，也可以将样品研磨后放在 Trigol中。
4、如果提供RNA，我们需要我们评估请提供浓度≥500 ng/ul，总量≥20 ug 的total RNA样品
   样品请去蛋白并进DNase处理。