Neo-10 Neosuite TCMD 中药化学数据库

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Neosuite TCMD 中药化学数据库

   TCMdb 产品简介   
Neosuite TCMD 中药化学数据库（ Traditional Chinese Medicines Database , TCMdb ）是中科院过程工程研究所分子设计课题组在*从事药物设 计方法研究的背景下，对数据库工具的国内外需求进行分析，经多年努力研制成功的科学数据库产品，是一个支持新药研发和中药现 代化研究的新型工具。
TCMdb 是一个多学科交叉的科学数据库，涉及中药现代化研究、中药化学、药物化学、植物化学、化学信息学、中药药理学、分子药 理学、药物设计学、耕产物研究与开发、新药创制、新剂型中药研发、新农药及其它农用化学品的研发等诸多研究及开发领域。

数据翔实，表达规范，检素途径完备

*的中药新产品开发和现代化研究综合信息源

收集化合物 23033 种
涉及中药药用植物 6735 种
使用参考文献 5538 篇（部）
文献延伸到 2010 年

每种化合物含下列数据：唯yi代码、中文名称、英文名称、CAS登录号、分子式、分子量、物理化学性质（晶体形态、焰点、 沸点、旋光度等）、格式化的生物活性数据（即药理模型实验结果）、含有该化合物的中药名单（部分包括该化合物在原 植物中的含量数据）、含*立体化学信息的结构式和参考文献。

   化合物信息举例：人参皂甙 Rd   
ID : 8427
CAS : 52705 - 93 - 8
name_cn ：人参皂昔 Rd
name_en ：Ginsenoside Rd
MF : C48H82O18
MW : 947.1779
source_plant ：绞股蓝 Gynostemma pentaphyllum（ 叶 ：0.009% 干重 ）[4757]，秦岭珠子参 Panax japonicus van major，人参 Panax ginseng [Syn. Panax schinseng]，三七花蕾 Panax pseudo-ginseng var. notoginseng [Syn. Panax notoginseng]（ 花蕾：0.010% 干重 ）[4702]，西洋参 Panax quinquefolium，竹节三七 Panax pseudo-ginseng var. japonicus （ 地下部分：0.0018% 干重 ）[4647].
physical_chemical ：白色粉末（ 乙醇：正丁醇=1 : 1）, mp 206 ~ 209°C, [ α ] D22 = +19.38° （ c = 1.03,甲醇 ）.
other_name : Gypenoside VIII
pharm_avtivity ：抗心律失常（ 氯化钡引起的大鼠心律不齐 ）；抗病毒；抑制 HSV - 1复制；抗氧化剂（ 大鼠肝脏匀浆，过氧化氢所致，IC50 = （ 12.0±0.8 ）pg/mL，FeSO4 所致，IC50 = （ 457.5 ± 15.4）μg/mL ）; 11-β-羟番类脱氢酶抑制剂；cAMP 磷酸二酯酶抑制剂 （ in vitro, IC50 = 84μmol/L ）；促进柔红霉素和长春花碱的细胞毒作用；促进皮质酮血浆分泌（ ED50 = 112pmol/kg ）;调节肾功能 和抑制肾小球再生；血管扩张剂；抗痛觉活性（ i.t. 注射 0.7μg 物质 -P 诱导的疼痛模型，EC = 50μg i.t. ）[5474]；保肝（ 抑制巨噬细胞活化，抑制 sALT 和 sAST 水平的升高，in vivo，D-GalN / 脂多糖诱导的小鼠肝损伤，100mg/kg ip 对 sALT，抑制率= 97%; 100mg/kg ip 对 sAST，抑制率 = 93%；对照氢化可的song，20mg/kg ip 对 sALT，抑制率 = 99%；20mg/kg ip 对 sAST，抑制率 = 97% ）[4702].
Ref : 4，87，451，900，4647，4702，4757，5474.

   TCMdb 产品特点   

8000 种成分有药理数据 ：
200 种细胞水平抗癌模型；细胞因子网络调节机制抗炎模型；各种抗氧化模型；各种酶抑制剂模型；NO 抑制剂模型等等。

信息表达体系完整严格 ：
按规范全面定义了中英名称、化学结构、各类数值、生物活性等数据结构、层次及格式，使相关学科信息表达和接轨。

保证数据*性可靠性 ：
采用多种交叉验证方法保证信息准确可靠。化合物立体化学表达完整，并*实现了药理数据多层次结构规范化。
安装简便易用：
安装在通用的 ISIS Base 平台上，在 Windows 环境下运行，用户检索、浏览和输出方便自如。同时也可方便地和 BIOVIA 等其他分子设计软件相连接。

   TCMdb 主要功能和用途   

 • 多途径的文字及数据检索功能；含立体化学的二维结构检索功能。

 • 进行 QSAR 研究的丰富的数据源；也是用综和方法研究中药现代化的有用工具。

 • 从系统的中草药有效成分结构信息出发，发现新先导，进而创制新西药的有用工具。

 • 从中草药资源出发，研发新剂型等新中药产品的有用工具。

 • 多构象三维结构数据库可直接用于药物设计，可用来进行基于药效团的三维结构数据库搜寻，或是进行基于分子对接的数据库搜寻。

从中药设计新西药的有用工具
研发新剂型新中药的必留工具

能回答和中药相关的种种问题，是管理者决策的好参谋！研发者工作的好工具！临床者案头的好帮手！
 - 某属/种植物中有哪些化学成分已被分离鉴定？都有何种药理活性？
 - 有多少化学成分做过抗癌实验，哪些有活性?哪些没有? IC50 值多少？
 - 以心血管药物为研发目标的公司应该关注哪些中药的研发动态？
 - 从中药出发创制抗高血压新药，哪些资源成功希望大？
 - 开发某种新剂型中药时，从哪些资源出发较有开发前景？
 - 已经确定了三维药效团，能否从中药成分中确定先导化合物？
 - 有哪些结构类型的化合物具有某种药理活性（1000 多种选项）?
 - 黄酮类化合物有多少种药理活性?哪些活性zui强？哪些活性谱较广?
 - 临床常用某种中药材抗心律失常，其药理学的根据何在?
 - 中药传统药效有清热、安神、解表、活血等，对应的药理学概念是什么?

   TCMdb 应用实例   
 ♦ 从植物检素化合物
给定一种中药药用植物，问该种植物都含有哪些化合物 ？ 严格的说法是：都有哪些化合物被从该种植物中分离并进行了结构确定 ？TCMdb 数据库能方便地完成这个任务。以三七为例，单击菜单栏下方的 “Query” 按钮，在 query 模式下激活 “植物来源” 域，键入 “Like “%三七%” ” 时，单击菜单栏 “Search” 按钮，单击下拉菜单中的 “By Form” ，系统将扩展地检出各种三七中含有的全部化合物，包括竹节三七等。

 ♦ 化合物药理活性数据检索
在全库的 23033 种化合物中，8000 种化合物有药理活性数据。这是研究 QSAR/SAR 关系的珍贵信息。用 SBF 方式，激活 “药理活性” 域后，键入 “Like “%药理关键字%” ” ，之后单击菜单栏 “Search” 按钮，单击下拉菜单中的 “By Form” ，就得到下表中的结果。亦可采用 QB 方式，见下表中中间的三个例子：
 

注意 : 体外抗癌活性在库中的规范表达方式是 “细胞毒” ，体内抗癌活性在库中的规范表达方式是 “抗肿瘤” 。观察化合物生物活性索引中的生物活性规范表达方式对于熟练使用数据库是有好处的。

 

 ♦ 结构检索
结构及子结构检索是 TCMdb *的功能。这一功能的实现对进行 QSAR 研究，进而研发新药提供了巨大的帮助。这里只举出较简单的例子：将黄酮类化合物的特征分子骨架放入 SBF 方式下的 structure 检索域，从库中检出包含黄酮骨架的化合物 1101 个。具体命令见 2.2 节。用 β-D-葡萄糖的分子骨架 ( 含确切的立体化学信息 ) 提问，得到 4438 个命中化合物。其它例子见下表：
 

   TCMdb 用户评价   
继中文专著一一《中药原植物化学成分集》三卷本（ ISBN978-7-03-023553-4 ）由科学出版社于 2009 年出版以后，与本数据库内容*匹配的英文专著一一六卷本《中药大全-分子结构，药理活性，天然来源及应用》（《Encyclopedia of Traditional Chinese medicines Molecular Structures, Pharmacological Activities, Natural Sources and Applications》，Vol 1~Vol 6，ISBN978-3-642-16734-8）已于 2011 年由 Springer 出版社在发行。但文字 / 数值 / 结构复合型数据库具有任何纸质书本不可能具有的强大检索功能，和《中药原植物化学成分集》配合使用，相得益彰，是*的结合。

国内中医、中药、药理专家对《中药原植物化学成分集》一书的评论摘要：

"该书为中药的现代化研究搭建了一个很好的信息平台，达到了上同类工作的*水平"

―（医科院药用植物所肖培根院士）

"该书内容丰富，资料完整，反映了国内外研究成果，对于充分利用翔国中药资源，促进中药现代 化研究，提升我国创新药物研究水平，具有重要的科学价值"

―（中国药理学会杜冠华理事长）

"该书为用综合方法系统研究中药*提供了一套两万种以上中药化学成分的数据集合，在理论层面上对 临床实践有皿参考价值"。

―（中医*翁维良*研究员）

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