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表面增强拉曼散射光谱仪可以使用SERS活性衬底,作为具有电介质层和金属层的各种组合的晶片（SERS衬底）.
表面增强拉曼散射光谱仪的SERS活性衬底芯片可以以不同的形式使用：作为具有电介质层和金属层的各种组合的晶片（SERS衬底）；胶体纳米粒子、二聚化纳米粒子或核/壳纳米粒子。所有SERS活性基底的活性层由贵金属（主要是银）的纳米结构表示。用SERS报告子标记的银纳米球并与选择的与可识别抗原匹配的抗体共价结合，已在SERS免疫测定中得到广泛应用。在形成免疫复合物并洗去未结合的成分后，通过SERS分析仪进行检测。

表面增强拉曼散射光谱仪可以用于细胞、组织、DNA, SERS基质的研究,也可用于日常化学分析和基础科学研究。比如：
生物科学与药物研究
利用光谱标记技术进行产品认证
违禁物质检测
用作用于吸附的生物传感器；
用于用配体、抗体等进行处理（需要进一步的受体沉积）