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将家蚕“数字化” 我国科学家完成家蚕超级泛基因组图谱绘制
2022年10月11日 15:48:05
来源：化工仪器网 作者：宋池 点击量：4490
近日，西南大学家蚕基因组生物学国家重点实验室完成家蚕大规模种质资源基因组解析（“千蚕基因组”），绘制出全球首张家蚕超级泛基因组，率先实现家蚕基因库数字化。
【化工仪器网 项目成果】近日，西南大学家蚕基因组生物学国家重点实验室完成家蚕大规模种质资源基因组解析(“千蚕基因组”)，绘制出全球首张家蚕超级泛基因组，率先实现家蚕基因库数字化。
据了解，研究团队对1078份蚕种质资源(205份地方种，194份改良种，632份遗传材料，47份野桑蚕)进行了深度二代(短读长)测序，对其中545份代表性资源进行了三代(长读长)测序，产生55.57T基因组数据，组装了545个蚕的高质量基因组，对100个基因组进行了基因注释，鉴定到4300余万个SNP、930余万个Indel、340余万个结构变异(SV)和7308个新基因(家族)，终于绘制出囊括了目前最全面的家蚕和野桑蚕基因组信息的高精度家蚕泛基因组图谱。
该超级泛基因组解决了家蚕的起源地区问题，同时为家蚕育种研究和应用提供了重要帮助。
家蚕在我国农业发展历史中有着非常重要的地位，有着超过5000年的驯养历史。目前，家蚕起源于我国，由中国古野桑蚕驯化而来已经是学术界的共识。然而野桑蚕分布地区广泛，家蚕起源于我国什么地区依然存在争议。
现有的山西夏县出土的半个蚕茧以及石雕蚕蛹等考古证据表明，黄河中下游地区可能是家蚕的起源地，但一直缺乏有力的生物学证据。家蚕超级泛基因组的研究发现，黄河中下游地区的地方种分布在进化树上家蚕分支的基部，证实了家蚕最早起源于黄河中下游地区。
我国养蚕历史悠久，家蚕育种已经出现瓶颈，之前仅有单一参考基因组及部分重测序，无法，不足以支撑基因组变异和优良基因的深度挖掘。而泛基因组是指一个物种内所有基因组信息的总和，它比单一参考基因组涵盖了更多的遗传多样性。
家蚕超级泛基因组囊括了目前最全面的家蚕和野桑蚕基因组信息，并且检出了家蚕这一物种的几乎全部的变异信息。据了解，研究团队鉴定到468个驯化相关基因和198个改良相关基因，其中新鉴定分别为264和185个。这些基因将是家蚕分子改良的重要候选靶标，为家蚕育种提供了重要的指导。
养蚕缫丝不仅是我国古代农业的重要组成部分，在现在农业中也有着非常大的经济利益。家蚕品种的改良有助于挖掘家蚕重要经济性状相关序列，提高蚕丝的产量和质量，促进相关行业的发展。
(资料来源：家蚕基因组生物学国家重点实验室)
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