继人类基因组计划取得重大成就后， 植物基因组学也取得了一系列突破性进展，农作物基因资源与基因改良研究已跃居成为全球生命科学领域技术创新的前沿。 我国虽然是世界上农作物种质资源最丰富的国家之一，但由于以往缺乏现代化的研究支撑条件，致使种质资源的基因鉴定、研究和利用工作滞后， 影响了作物新品种的选育效率。为此，原国家发展计划委员会投资 14140 万元，以中国农业科学院为依托单位， 建设我国农业及生物领域目前唯一一个国家重大科学工程——“农作物基因资源与基因改良国家重大科学工程”。 它是我国农业科学基础研究与应用基础研究领域能力建设的重大进步和标志性工程。该工程于 2003 年 11 月竣工并投入使用。

国家重大科学工程仪器设备共69类468台（套），购置费8053.38万元。仪器设备购置由中国农业科学院计财局和中国远东国际招标公司组织专家负责招投标。仪器设备选型的主要原则是：多功能、高通量、高效率、自动化、网络化和简单化，先进性与实用性相结合，大、中、小型仪器设备相配套。
仪器设备主要用于遗传多样性与核心种质研究、基因鉴定研究、基因克隆与功能研究、种质创新与分子育种技术研究、作物基因信息网络研究等。国家重大科学工程仪器设备面向全国开放。欢迎全国各地的科研人员利用国家重大科学工程的设施、设备和条件进行有关研究。

有关实验室仪器设备的详细信息请参阅网站仪器设备部分。对于不同的仪器设备，开放实验室采用不同的管理方式，大型贵重设备由专人负责操作，常规设备可由培训合格的实验人员操作。对于部分设备，开放实验室将收取一定的仪器设备占用费与管理费，对于需长时间于开放实验室工作的人员也将收取一定的仪器使用与管理费用，具体请参阅相关文档。需要使用开放实验室的课题组和个人请先于开放实验室工作人员联系，以确定仪器使用状况，近期开放实验室将开通网上预约服务，您将可以通过网络查询仪器使用情况。