需要在高度方向上做扫描，得到一系列的切片图，然后进行图像叠加并得到三维图像，从而提高景深范围。相对于传统的光学显微镜，激光共聚焦显微镜其横向分辨率提高40%以上，可达120nm。激光共聚焦显微镜样品适用性强，非接触测试，无需样品制备和导电性处理，对样品无损伤（粉末、软性样品以及透明样品均可测试）。激光共聚焦显微镜丰富的测量结果，高分辨二维及三维成像、多种二维及三维显示结果对比、大面积图像拼接、非接粗糙度测量、膜厚测量、荧光分析等。简便的操作及维护，激光共聚焦显微镜无昂贵的耗材、模块化设计、人性化的操作软件、自动校正程序等。
激光共聚焦显微镜在提高有效信号的基础上，大大降低噪音信号，使得高质量的荧光图像成为可能。利用“对焦（焦点）时反射光量大”这一共焦原理的显微镜测量精度，会受到正确读取反射光量峰值的能力的较 大影响。构成共焦光学系统的方式有很多。有些形状测量激光显微系统所采用的“针孔共聚焦方式”。针孔共聚焦方式是在光接收元件的前面设计了针孔。针孔的直径仅为数十μm，其功能是在不对焦时切断反射光。，通常的光学系统和激光共焦点光学系统的反射光均会进入光接收元件。观察“未对焦时”，通常光学系统的反射光（焦点模糊光线）会进入光接收元件，但激光共焦点光学系统的反射光（焦点模糊光线）则会被针孔切断。即只有在对焦时反射光才会进入光接收元件，以此为依据构成共焦光学系统。
无论是材料表面形貌组织结构分析，还是表面轮廓度，激光共聚焦显微镜都可以呈现细节清晰、高衬度的图像。增强灵敏度，减少背景噪音是激光共聚焦显微镜在应用的先决条件。激光共聚焦显微镜的灵敏度、杰出的降噪音技术和激发激光技术，也能保证输出较好的结果。
激光共聚焦显微镜更少的机械运动，尤其是在光谱成像时，以及更稳定的设计，保证提供更快的、不间断的令人信服的实验结果。整合多个个检测器在共聚焦中，可以可靠而无偏离的重现用户的测量。平行光谱检测可以在波长模式下同时读出通道更多的的信号。另外，其特殊的采集模式可以将光谱分辨率大大提高。