制药厂洁净室空调系统的高能耗的主要表现在两个方面：其一是制冷负荷。各类制冷负荷主要有新风、风机温升、工艺设备、围护结构、照明、人员等。其中以新风负荷大，药厂新风需要满足人员舒适度要求，维持正压和弥补排风量。其二是运行负荷，为满足洁净和工艺排风需求，药厂洁净室风量通常比一般舒适性空调间大很多，另外为了克服多级过滤的要求，药厂送排风机的动力也会比一般舒适性空调间大很多。
减少制冷负荷措施：
1、适宜的温湿度的设计
GMP规定药厂洁净室的生产条件是18~26相对湿度45%~65%。这条规定对相对湿度的定义基于这样一个标准，过高容易长霉菌，不利于洁净环境要求，过低容易产生静电，使人体感觉不适。但是根据生产实际情况，只有少数工艺（如内包外包，制丸区域）对温度或者相对湿度有一定要求，其他区域（如走廊，清洗间，称重间）均着眼于操作人员的舒适感。从人员操作的习惯来说，夏天温度可以从24˚C提高到26˚C，冬天可以控制在20˚C左右。冬季，在不影响人员舒适度的前提下，相对湿度从55%下降到40%，则节能效果是很明显的。
2、适宜的换气次数设计
《医药工业洁净厂房设计规范》对普通洁净区换气次数的指导值是每小时10~15次，但是该标准已经执行超过50年了，近些年来，无论从洁净建筑墙体、吊顶、室内工艺设备还是操作人员的洁净服装都有了很大的进步，在建筑标准较高的外资制药车间，依赖于良好的运行情况，可以适当考虑减少换气次数以达到节能的效果。
减少运行负荷的措施：
1、减少风机，电机温升负荷的设计
净化空调器把电机外置可以在一定程度上可以减少产尘量和风机温升。
2、新排风系统的变风量控制系统的设计
药厂空调系统需要补充大量新风的主要原因之一是有设备的局部排风，但局部排风装置并非全天运行，所以可以根据排风量变化或室内正压的变化，不断调节新风量，以维持室内正压。
3、待机工况的设计
对于药厂洁净室，考虑到运行时，维修时和下班时的不同，或者工作任务饱满和空闲时的不同，除了在单台风机的风量调节上进行控制之外，也可考虑采用多台风机，通过台数的不同进行分步控制风量。