色谱柱峰形发生改变、色谱峰分叉、出现肩峰、保留时间漂移、分离度变化或背压升高，都表明色谱柱被污染了。用纯有机溶剂进行冲洗以去除非极性污染物，谨慎操作以避免任何缓冲盐的析出。如果冲洗不能解决问题，可采用以下步骤对色谱柱进行清洗和再生。
■ 使用与样品性质和固定相类型(反相、正相或HILIC)相匹配的常规清洗方法，这有助于溶解可疑污染物。
■ 在柱温45 °C条件下，使用20倍柱体积的溶剂冲洗色谱柱。
■ 如果使用的是反相色谱柱，依次以非极性逐渐增强的溶剂(如，水到甲醇到四氢呋喃*到二氯甲烷*)冲洗色谱柱。如果使用的是HILIC色谱柱，依次以极性逐渐增强的有机溶剂(如，乙腈到乙腈/甲醇到乙腈/水到水)冲洗色谱柱。
*注意：对于某些有机溶剂，需要注意其与系统管路与真空脱气包的兼容性。
■ 通过逆向冲洗程序，再返回初始流动相条件。
如果确认样品或流动相存在污染迹象，或是分析条件或样品项目对色谱柱的损害不可避免，更好的色谱柱使用与维护方式包括如下：
■ 参考“流动相及样品的制备及建议”部分
■ 增加清洗频率，包括：在每个分析梯度末端增加“清洗步骤”，或是，一定的进样针数后进行较为*的清洗
■ 使用保护柱，专柱，并定期更换(当柱压增加10%，或柱效下降10%时)反相与HILIC色谱柱的保存
如需将色谱柱放置超过四天，应将其保存于100%乙腈中。对于高温条件下的分离，应在使用后立即保存于100%乙腈中，切勿将色谱柱保存于缓冲液中。如果流动相中含有缓冲盐，则先用10倍柱体积95%纯水冲洗色谱柱用以*清除柱内的盐成分，再用10倍柱体积的乙腈冲洗柱。将色谱柱*密封，防止溶剂蒸发而导致柱床变干。