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根据DNA扩增的目的和检测的标准可以将PCR仪分为普通PCR仪，梯度PCR仪，实时荧光定量PCR仪，原位PCR等几类。
1.普通PCR仪
普通PCR仪：一次PCR扩增只能运行一个特定退火温度的PCR仪。假如要用它做不同的退火温度则需要多次运行。主要是用作简单的，对目的基因退火温度的扩增。主要应用于科研、教学、临床医学、检验、检疫等。
2.梯度PCR仪
梯度PCR仪：一次性PCR扩增可以设置一系列不同的退火温度条件（通常12种温度梯度）的PCR仪。由于被扩增的不同的DNA片断其的退火温度不同，通过设置一系列的梯度退火温度进行扩增，从而一次性PCR扩增就可以筛选出表达量高的退火温度进行有效的扩增。主要用于研究未知DNA退火温度的扩增，这样既节约时间，也节约经费。在不设置梯度的情况下亦可当做普通的PCR用。多应用于科研、教学机构。
3.实时荧光定量PCR仪
在普通PCR仪基础上增加一个荧光信号采集系统和计算机分析处理系统，就成了荧光定量PCR。原理同普通PCR扩增仪，只是在PCR扩增时加进的引物是利用同位素、荧光素等进行标记，使用引物和荧光探针同时与模板特异性结合扩增。扩增的结果通过荧光信号采集系统实时采集信号连接输送到计算机分析处理系统，得出量化的实时结果输出。荧光定量PCR仪有单通道，双通道和多通道之分。当只用一种荧光探针标记的时候，选用单通道；有多种荧光标记的时候使用多通道。单通道也可以检测多荧光的标记和目的基因表达产物，由于一次只能检测一种目的基因的扩增量，需多次扩增才能检测完不同的目的基因片断的量。主要应用于临床医学检测、生物医药研发、食品行业、科研院校等。
4.原位PCR仪
是用于从细胞内靶DNA的定位分析的细胞内基因扩增仪。如病原基因在细胞的位置或目的基因在细胞内的作用位置等。可保持细胞或组织的完整性，使PCR反应体系渗透到组织和细胞中，在细胞的靶DNA所在的位置进行基因扩增。不但可以检测到靶DNA，还能标出靶序列在细胞内的位置。于分子和细胞水平上研究疾病的发病机理和临床过程及病理的转变有着重大的实用价值。
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