物理图谱（physicalmap）：物理图谱反映的是DNA序列上两点之间的实际距离，而遗传图谱则反映这两点之间的连锁关系。

物理图谱描绘DNA上可以识别的标记的位置和相互之间的距离（以碱基对的数目为衡量单位），这些可以识别的标记包括限制性内切核酸酶的酶切位点，基因等。

物理图谱不考虑两个标记共同遗传的概率等信息。它有多种形式，包括限制性图谱（restrictionmap），用于对小区域、如kb数量级做精细结构制图；细胞遗传学图cytogeneticmap），用于较大片段如以104kb为长度数量级的区域制图；还有STS含量图（STScontentmap）和放射性杂交图radio active hybridization），它们的分辨区域都大于1Mb（1000kb）；荧光原位杂交图谱（FISH图谱，fluo-rescence in situ hybridization）使用荧光标记的DNA探针，来探测克隆体染色体DNA的物理图谱，从而以细胞遗传学图中一条带或一个荧光点的位置定出克隆体的位置。

对于人类、高等植物基因组来说，zui粗的物理图谱是通过染色体分带技术在染色体上的条带染色模式，zui精细的物理图谱是测出DNA的完整碱基对序列。