荧光法是一种相对技术——也就是说，在进行定量测定时，需要对浓度已知的材料进行比较来测定。参比标准物可以是一个，也可以是一组。使用一组参比标准物的好处在于能够验证分析实验是否在线性范围内完成，以及是否存在内滤光效应（荧光被样品自身吸收）。观察到的荧光强度（通常用 RFU——相对荧光单位表示）也与仪器的狭缝宽度、检波器增益（电压）、光源功率等的设置有关。不同的仪器（即使由同一个生产商生产，且使用看上去*相同的光学系统）会给出不同的结果，并且各个生产商采用的纵坐标尺度不同，因此，RFU 值上存在差异并不能用于仪器的质量的评判。

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