重组腺病毒（rAAV）是一种广泛使用的基因治疗载体，目前共13种血清类型被鉴定。AAV衣壳由60个拷贝的三种蛋白亚基组成，分别是VP1（大约80 kDa）、VP2（大约70 kDa）和VP3（大约60 kDa）[1]。其中，VP2包含VP3的全部序列，VP1包含VP2的全部序列[2]。理论上VP1:VP2:VP3的质量比例为1:1:10。由于三种亚基的序列相似但相对丰度相差较大，三种亚基在常规分离中容易共洗脱，导致VP1和VP2的信号无法正常解析。在实际检测的过程中，有些AAV样品中VP1的含量极少，与VP3的比例甚至低于1:1000，导致VP1信号难以检测。

AAV衣壳蛋白是病毒基因组的保护结构以及细胞内化的媒介。衣壳蛋白的组成是影响病毒感染活性和基因转导的关键因素。对AAV衣壳蛋白分子量、序列覆盖度和翻译后修饰的研究有利于阐述不同AAV亚型在感染效率、细胞靶向和组织特异性方面的差异[3]。此外，AAV衣壳蛋白作为基因治疗的重要载体，为了确保药品的安全性和质量，在基因治疗产品的整个开发过程中，需要对其结构、性质以及序列组成进行充分的表征和评价。本文以Orbitrap为质量分析器，以AAV5为例，发展AAV的分子量检测和序列覆盖度分析方法。

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