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CHIP-seq，指的是结合位点分析法，作用为研究体内蛋白质与DNA相互作用。染色质免疫共沉淀技术（Chromatin Immunoprecipitation，ChIP）也称结合位点分析法，是研究体内蛋白质与DNA相互作用的有力工具，通常用于转录因子结合位点或组蛋白特异性修饰位点的研究。

将ChIP与第二代测序技术相结合的ChIP-Seq技术，能够高效地在全基因组范围内检测与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段。ChIP-Seq的原理是：首先通过染色质免疫共沉淀技术（ChIP）特异性地富集目的蛋白结合的DNA的片段，并对其进行纯化与文库构建；然后对富集得到的DNA的片段进行高通量测序。研究人员通过将获得的数百万条序列标签精确定位到基因组上，从而获得全基因组范围内与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段信息。

ChIP-Seq与传统的ChIP-chip技术相比具有灵敏度高、灵活性强、分辨率高、不具备其他芯片相关负效应等明显优势。

该技术流程主要分为两部分：实验数据获取及生物信息分析。

实验数据获取流程：

1.        将蛋白交联到DNA上。以保证蛋白和DNA能够结合，找到互作位点。

2.        通过超声波剪切DNA链。

3.        加上附上抗体的磁珠用于免疫沉淀靶蛋白。

4.        接触蛋白交联；纯化DNA

5.        定量检测，检测合格后进行测序文库构建、 DNA 成簇（Cluster generation）扩增、高通量测序。

生物信息分析流程见下图：