既然食源性疾病乃是从“口入”，那么食品是否安全无毒就有必要采用检测仪器予以鉴别了。它们不仅能够识别出那些明显变质的食品，还能揪出其中肉眼无法看见的有害微生物。目前，根据食品致病因子的不同，可以简要分为细菌性危害、病毒性危害、寄生虫危害和真菌性危害四类。

　　一，细菌性病害是由细菌病菌侵染所致的病害。普通人一提到食物中毒，可能反应就是觉得里面有细菌。没错，致病细菌污染的确是影响食品安全的重要因素。它不仅会引起食物的变质，严重的时候还会造成食源性疾病。对此，检验人员可以取出一部分食品作为样本，采用实验室中的培养基和显微镜对其菌落总数测定。菌落总数越多，说明食品质量越差，也就越容易造成细菌性食源性疾病。

　　二，病毒比细菌的个头小得多，一般的光学显微镜也很难看见，因此必须采用电子显微镜予以观测。虽然病毒对食品的污染并不像细菌那么普遍，但是一旦污染也会产生严重的后果。前几年爆发多起诺如病毒感染事件，就是因为食品中含有此致病病毒。病毒一般通过直接或间接的方式由排泄物传染到食品中。携带病毒的食品加工者可导致食品的直接性污染，而污水则常导致食品的间接性污染。因此，为了保证不被感染病毒性食源性疾病，必须加强对水质的检测。

　　三，食源性寄生虫病也是影响我国食品安全和人民健康的主要因素之一。畜禽、水产是许多寄生虫的中间宿主，消费者食用了含有寄生虫的畜禽和水产品后，就可能感染寄生虫。目前主要可以采用病原学检测技术、借助显微镜进行寄生虫形态学观察，比如采用载玻片和显微镜的直接压片镜检法，采用日光灯或者紫外灯的灯检法，直接沉渣镜检法以及蛋白酶消化法。除了病原学检测技术，还可以使用包括聚合酶链式反应(PCR)、棉纤维卡片(FTA)、基因芯片(DNA chip)等方法的分子生物学检测技术，以及各种免疫学检测技术。

　　四，后，还有一类真菌性危害，主要包括真菌及其毒素、有毒蘑菇对食品造成的危害。比如黄曲霉素、杂色曲霉素、赭曲霉素可以破坏食品的品质，产生一定的毒素。人类食用后容易导致肝损伤，甚至引发其他严重疾病。真菌性危害主要针对植物，日常食用的水果是重灾区。针对这一“看不见的威胁”，一般可以采用液相色谱法、薄层色谱法、毛细管电泳法、液质联用法等技术进行检测。随着科学技术的进步，高压液相色谱仪、荧光光度计、液相色谱-三重串联四极杆质谱仪等仪器设备也被应用于此。为了提升检测效率、降低设备成本，现在还可以使用免疫化学分析法进行快速分析检测，满足现场检测工作的需求。