色谱柱的正确使用和维护十分重要，稍有不慎就会降低柱效、缩短使用寿命甚至损坏。在色谱操纵过程中，需要留意下列题目，以维护色谱柱。
 

　　①　避免压力和温度的急剧变化及任何机械震动。温度的忽然变化或者使色谱柱从高处掉下都会影响柱内的填充状况；柱压的忽然升高或降低也会冲动柱内填料，因此在调节流速时应该缓慢进行，在阀进样时阀的转动不能过缓(如前所述)。
 

　　②　应逐渐改变溶剂的组成，特别是反相色谱中，不应直接从有机溶剂改变为全部是水，反之亦然。
 

　　③　一般说来色谱柱不能反冲，只有生产者指明该柱可以反冲时，才可以反冲除往留在柱头的杂质。否则反冲会迅速降低柱效。
 

　　④　选择使用适宜的活动相(尤其是pH)，以避免固定相被破坏。有时可以在进样器前面连接一预柱，分析柱是键合硅胶时，预柱为硅胶，可使活动相在进进分析柱之前预先被硅胶"饱和"，避免分析柱中的硅胶基质被溶解。
 

　　⑤　避免将基质复杂的样品尤其是生物样品直接注进柱内，需要对样品进行预处理或者在进样器和色谱柱之间连接一保护柱。保护柱一般是填有相似固定相的短柱。保护柱可以而且应该经常更换。
 

　　⑥　经常用强溶剂冲洗色谱柱，清除保存在柱内的杂质。在进行清洗时，对流路系统中活动相的置换应以相混溶的溶剂逐渐过渡，每种活动相的体积应是柱体积的20倍左右，即常规分析需要50~75ml。
 

　　下面列举一些色谱柱的清洗溶剂及顺序，作为参考：硅胶柱以正已烷(或庚烷)、二氯甲烷和甲醇依次冲洗，然后再以相反顺序依次冲洗，所有溶剂都必须严格脱水。甲醇能洗往残留的强极性杂质，已烷使硅胶表面重新活化。反相柱以水、甲醇、乙腈、一氯甲烷(或氯仿)依次冲洗，再以相反顺序依次冲洗。假如下一步分析用的活动相不含缓冲液，那么可以省略zui后用水冲洗这一步。一氯甲烷能洗往残留的非极性杂质，在甲醇(乙腈)冲洗时重复注射100~200μl四氢呋喃数次有助于除往强疏水性杂质。四氢呋喃与乙腈或甲醇的混合溶液能除往类脂。有时也注射二甲亚砜数次。此外，用乙腈、丙酮和三氟醋酸(0.1%)梯度洗脱能除往蛋白质污染。
 

　　阳离子交换柱可用稀酸缓冲液冲洗，阴离子交换柱可用稀碱缓冲液冲洗，除往交换性能强的盐，然后用水、甲醇、二氯甲烷(除往吸附在固定相表面的有机物)、甲醇、水依次冲洗。
 

　　⑦　保存色谱柱时应将柱内布满乙腈或甲醇，柱接头要拧紧，防止溶剂挥发干燥。尽对禁止将缓冲溶液留在柱内静置过夜或更长时间。
 

　　⑧　色谱柱使用过程中，假如压力升高，一种可能是烧结滤片被堵塞，这时应更换滤片或将其取出进行清洗；另一种可能是大分子进进柱内，使柱头被污染；假如柱效降低或色谱峰变形，则可能柱头出现塌陷，死体积增大。
 

　　在后两种情况发生时，小心拧开柱接头，用洁净小钢将柱头填料取出1~2mm高度(留意把被污染填料取净)再把柱内填料整平。然后用适当溶剂湿润的固定相(与柱内相同)填满色谱柱，压平，再拧紧柱接头。这样处理后柱效能得到改善，但是很难恢复到新柱的水平。